Identificación de péptidos inmunodominantes de las células TCD4 en la respuesta inmunológica frente al SARS-CoV-2: una aproximación bioinformática

Abstract

Introducción: el COVID-19 puede presentarse como un síndrome respiratorio severo causado por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2). Este virus surgió en China a finales del 2019 y se extendió rápidamente a todas las regiones del mundo, por lo cual la organización mundial de la salud (OMS) declaró la pandemia el 11 de marzo de 2020. Por lo tanto, comprender cómo funciona la memoria inmune frente al SARS-CoV-2 es fundamental para conocer la capacidad protectora del sistema inmune frente a este nuevo virus. Objetivo: identificar los posibles péptidos específicos derivados del virus SARS- CoV-2 presentados por las moléculas de MHC-II a los linfocitos T CD4. Método: el presente estudio corresponde a un análisis bioinformático usando los algoritmos de las bases de datos Syfpheity, P9 (Tetitope) y NetMHCIIPan con las proteínas del virus SARS-CoV-2 variante de Wuhan en el formato FASTA obtenidas del IEDB para de esta manera seleccionar los posibles péptidos específicos del SARS-CoV-2 que cumplieran con los requisitos previamente establecidos. Resultados y conclusiones: con el presente estudio se espera realizar la predicción de los posibles péptidos derivados de las proteínas del virus que se unen a ciertos alelos de HLA-II y que son reconocidos por los linfocitos T, siendo importante para el entendimiento de la inmunología frente al virus y el desarrollo de futuras vacunas frente a este. Se analizaron 9585 péptidos, se seleccionaron 8.918 péptidos que cumplieron con los requisitos y finalmente 25 péptidos fueron reconocidos por los tres alelos.