Avaliação por Ngs das mutações de resistência nos genes da integrase, protease e transcriptase reversa do HIV-1 em indivíduos em falha virológica

Abstract

Introduction: With the introduction of Antiretroviral Therapy, there was an improvement in the quality of life in individuals with Human Immunodeficiency Virus. However, the selective pressure exerted by these drugs had a negative role in the treatment of these individuals, since they could select resistant viral strains that would lead to virological failure. With this, there was a need for the development of new drugs that had a better genetic barrier, capable of withstanding a greater number of mutations, these drugs are now used in salvage therapy. Another much discussed factor is minority mutations, not detected by the Sanger sequencing method, and that may interfere during the individual treatment. For this reason the use of NGS is important since it presents high coverage being able to detect these minority mutations. In this way we can evaluate the presence of majority and minority mutations for the third generation drugs used in salvage therapy. Objective: Evaluate the occurrence of HIV-1 Integrase, Protease and Reverse Transcriptase genes resistance mutations for Darunavir, Etravirine and Raltegravir salvage drugs in samples of HIV-positive patients in ART failure, in the city of São Paulo. Methods: Total of 147 subjects were analyzed, with CD4 <500 cells / mm 3, CV> 3.7 log / mL, age ≥18 years. Reaction Polymerase Chain was performed in the regions of Reverse Transcriptase, Protease and Integrase and was performed Massively Parallel Sequencing of these samples. Results: Mutations for the Integrase region (S147G, N155H and Q148H) were found for the Darunavir associated protein region (I47V, I54L, I84V, L33F, I50V, L33F, V32I, I54M and L76V) and the Reverse Transcriptase associated with Etravirine (L100I, K101P, M230L, Y181C and G190E). Minority resistance were found for the Protease region (M46I, I47V, F53L, I54L, V82A, I84V) for the Reverse Transcriptase region (M41I, K65R, D67N D67G, D67E, K70R, K70E, L74I, V75A, T215Y, K219N, L100I, K101P, K103S, Y188L, Y188S, P225H). Conclusion: Because resistance mutations associated with the Integrase region have been found this may be one of the few cases of transmitted resistance identified to date, since the individual did not use Integrase Inhibitors. The individuals in this study, because they were multi-experimented, had a large presence of mutations that would decrease the effectiveness of the Darunavir and Etravirine drugs even though they presented a greater genetic barrier than the other drugs. The minority mutations identified in this study have been shown to be a concern since mutations that would interfered with the susceptibility to salvage drugs have been identified and the presence of some TAMs has been identified.

Introdução: Com a introdução da Terapia Antirretroviral houve uma melhora na qualidade de vida nos indivíduos portadores do Vírus da Imunodeficiência Humana. Porém a pressão seletiva exercida por estes medicamentos teve um papel negativo no tratamento destes indivíduos, uma vez que, poderiam selecionar cepas virais resistentes que levariam a falha virológica. Com isto houve a necessidade do desenvolvimento de novos medicamentos, que apresentassem uma melhor barreira genética, capazes de suportar um maior número de mutações, estes medicamentos hoje são utilizados na Terapia de resgate. Outro fator muito discutido são as mutações minoritárias, não detectadas pelo método de sequenciamento de Sanger, e que podem vir a interferir durante o tratamento do individuo. Por este motivo o uso do NGS é importante uma vez que apresenta alta cobertura sendo capaz de detectar estas mutações minoritárias. Deste modo podemos avaliar a presença de mutações majoritárias e minoritárias para os medicamentos de terceira geração empregados na terapia de resgate. Objetivo: Avaliar a ocorrência de mutações de resistência nos genes da Integrase, Protease e Transcriptase Reversa do HIV-1 para os medicamentos de resgate Darunavir, Etravirina e Raltegravir em amostras de pacientes HIV positivos, em falha ao TARV, na cidade de São Paulo. Métodos: Foram analisados 147 indivíduos em falha terapêutica, com CD4 <500 cél/mm3, CV >3,7 log/mL, idade ≥18 anos. Reação em Cadeia da Polimerase foi realizada para as regiões da Transcriptase Reversa, Protease e Integrase e foi realizado o Sequenciamento Paralelo Massivo destas amostras. Resultados: Foram encontradas mutações para região da Integrase (S147G, N155H e Q148H), para região da Protease associado ao Darunavir (I47V, I54L, I84V, L33F, I50V, L33F, V32I, I54M e L76V) e para região da Transcriptase Reversa associado à Etravirina (L100I, K101P, M230L, Y181C e G190E). Para mutações minoritárias foram encontradas para região da Protease (M46I, I47V, F53L, I54L, V82A, I84V), para região da Transcriptase Reversa (M41l, K65R, D67N D67G, D67E, K70R, K70E, L74I, V75A, F77L, M184V, T215Y, K219N, L100I, K101P, K103S, Y188L, Y188S, P225H). Conclusão: Por terem sido encontradas mutações de resistência associadas à região da Integrase este pode ser um dos poucos casos de resistência transmitida identificados até hoje. Os indivíduos deste estudo por serem multiexperimentados apresentaram uma grande presença de mutações que diminuiriam a susceptibilidade aos medicamentos Darunavir e Etravirina mesmo estes apresentando uma maior barreira genética em relação aos outros medicamentos. As mutações minoritárias identificadas neste estudo demonstraram ser uma preocupação uma vez que foram identificadas mutações que interfeririam nos medicamentos de resgate além de terem sido observadas a presença de algumas TAMs.