Dinâmica temporal de Staphylococcus aureus resistentes à oxacilina recuperados de infecções de corrente sanguínea em um hospital terciário da cidade de São Paulo em um período de 13 anos

Abstract

Infecções causadas por Staphylococcus aureus Resistentes à Oxacilina (ORSA) são mundialmente estabelecidas como um problema de saúde pública, uma vez que, o potencial de patogenicidade de S. aureus tem grande amplitude. O objetivo deste estudo foi caracterizar os isolados de ORSA recuperados de hemoculturas de pacientes de um hospital terciário na cidade de São Paulo ao longo de um período de 13 anos. Um total de 149 isolados viáveis de ORSA foram recuperados de ICS entre janeiro de 2009 e agosto de 2021 (um isolado por mês). A identificação das espécies foi confirmada por MALDI­TOF MS, seguida pela detecção do gene nuc. O teste de sensibilidade antimicrobiana foi realizado pela técnica de microdiluição em caldo usando a placa comercial Sensititre™ Gram­Positive MIC Plate (Thermo Scientific™). A extração de DNA dos isolados de ORSA foi realizada utilizando o método de resina Chelex 100 a 5% (BioRad Laboratories). Foi realizada por a detecção molecular do gene mecA e a tipagem do SCCmec seguindo o protocolo de Zhang e colaboradores (2005). Além disso, foram investigados a presença de 14 genes de virulência de S. aureus (incluindo luk­PVL), bem como genes codificadores de carbapenemases e de ­lactamases de espectro estendido (ESL). Entre os 149 isolados de ORSA avaliados, 96,6% (n=144/149) foram positivos para presença do gene mecA, entre os quais 48,3% (n=72) eram SCCmec Tipo II, 16,8% (n=25) SCCmec Tipo IVa, 6% (n= 9) SCCmec Tipo I, 2% (n=3) SCCmec Tipos I e II, 1,3% (n=2) SCCmec Tipo IVc, 0,6% (n=1) SCCmec Tipo III e 0,6% (n=1) SCCmec Tipo V. Um total de 24,2% (n=35) dos isolados de ORSA não foram tipáveis. Os genes de virulência testados foram encontrados na seguinte frequência: sem (n=70/46,9%), sej (n=31/20,8%), hlb (n=22/14,8%), hla (n=21/14,1%), tsst­1 (n=16/10,7%), seg (n=16/10,7%), sen (n=12/8,1%), luk­PVL (n=10/6,7%), sen (n=7/4,7%), e seg (n=1/0,7%). Os isolados de ORSA SCCmec Tipo II (Nova Iorque/Japão) demonstraram serem mais virulentos que os demais isolados carreadores de outros tipos de SCCmec, ainda que os isolados SCCmec Tipo IVa sejam importantes produtores das ­ e ­hemolisinas. Altas taxas de resistência foram observadas para os antimicrobianos não ­lactâmicos, quando interpretados seguindo os pontos de corte clínicos estabelecidos pelo BrCAST, como eritromicina (82,5%), clindamicina (75,8) e levofloxacino (77,2%), enquanto os antimicrobianos mais ativos foram frente aos isolados de ORSA avaliados foram a linezolida (98,6%), vancomicina (98%) e teicoplanina (96,6%). Além disso, 54,4% (n=81) dos isolados testados foram resistentes à ceftobiprole. Por fim, verificamos a total substituição do CEB (SCCmec Tipo III) pelos clones Nova Iorque/Japão (SCCmec Tipo II) e USA800/Pediátrico (SCCmec Tipo IV). De forma preocupante, uma diversidade de genes de virulência, com destaque para a presença considerável do gene codificador da potente toxina da síndrome do choque tóxico, TSST­1, foram encontradas entre os isolados de ORSA avaliados.

Infections caused by Oxacillin Resistant Staphylococcus aureus ORSA are worldwide established as a public health concern, since the pathogenic potential of S. aureus has great amplitude. The aim of this study was to characterize ORSA isolates recovered from BSI of patients hospitalized at a tertiary hospital in the city of São Paulo over a period of 13 years. A total of 149 viable ORSA isolates were recovered from BSI between January 2009 and August 2021 (one isolate per month). Species identification was confirmed by MALDI­TOF MS, followed by detection of the gene nuc. Antimicrobial susceptibility testing was performed by broth microdilution technique using the commercial Sensititre™ Gram­Positive MIC Plate (Thermo Scientific™). DNA extraction from ORSA isolates was performed using the Chelex 100 5% resin method (BioRad Laboratories). The molecular detection of mecA gene and SCCmec typing was performed according to the protocol by Zhang et al. (2005). In addition, the presence of 14 virulence encoding genes of S. aureus (including luk­PVL), as well as genes encoding for carbapenemases and extended­spectrum ­lactamases (ESL) were also investigated. Among the 149 ORSA isolates evaluated, 96.6% (n=144/149) were positive for the presence of mecA, among which 48.3% (n=72) were SCCmec Type II, 16.8% (n=25) were SCCmec Type IVa, 6% (n=9) SCCmec Type I, 2% (n=3) SCCmec Types I and II, 1.3% (n=2) SCCmec Type IVc, 0.6% (n =1) SCCmec Type III, and 0.6% (n=1) SCCmec Type V. A total of 24.2% (n=35) of ORSA isolates were not typeable. The virulence genes tested were found in the following frequency: sem (n=70/46.9%), sej (n=31/20.8%), hlb (n=22/14.8%), hla (n =21/14.1%), tsst­1 (n=16/10.7%), sec (n=16/10.7%), sin (n=12/8.1%), luk­PVL (n=10/6.7%), sin (n=7/4.7%), and sec (n=1/0.7%). SCCmec Type II isolates (New York/Japan clone) were more virulent than those isolates carrying other types of SCCmec, although SCCmec Type IVa isolates were important producers of ­ and ­hemolysins. High resistance rates were observed for non­β­lactam antimicrobials when interpreted following the clinical breakpoints established by BrCAST, such as erythromycin (82.5%), clindamycin (75.8), and levofloxacin (77.2%), while the most active antimicrobials against the ORSA isolates evaluated were linezolid (98.6%), vancomycin (98%), and teicoplanin (96.6%). Furthermore, 54.4% (n=81) of isolates were resistant to ceftobiprole. Finally, we verified the complete replacement of BEC (SCCmec Type III) by the New York/Japan (SCCmec Type II) and USA800/Pediatric (SCCmec Type IV) clones. Worryingly, a diversity of virulence genes, with emphasis on the gene encoding for the potent toxic shock syndrome toxin, TSST­1, were found among the ORSA isolates evaluated.