Análises metagenômicas revelam a influência das camadas de profundidade na biodiversidade marinha em regiões tropicais e subtropicais

dc.contributorDalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/7545266931352015
dc.contributorhttps://orcid.org/0000-0002-1688-6155
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4065178015615979
dc.contributorCosta, César Renno
dc.contributorWallau, Gabriel da Luz
dc.creatorSantiago, Bianca Cristiane Ferreira
dc.date2023-01-10T17:50:00Z
dc.date2023-01-10T17:50:00Z
dc.date2022-10-28
dc.date.accessioned2023-09-04T12:20:49Z
dc.date.available2023-09-04T12:20:49Z
dc.identifierSANTIAGO, Bianca Cristiane Ferreira. Análises metagenômicas revelam a influência das camadas de profundidade na biodiversidade marinha em regiões tropicais e subtropicais. Orientador: Rodrigo Juliani Siqueira Dalmolin. 2022. 59f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022.
dc.identifierhttps://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/50902
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8600348
dc.descriptionAbout 71% of the Earth's surface ecosystem is covered by ocean, responsible for containing 97% of all the Earth's water, with plankton being its dominant life form. Microorganisms play an essential role in maintaining the planet's system, since they are sources of energy and nutrients for living beings, realize almost half of net primary production, maintain chemical balance in the atmosphere and export photosynthetically fixed carbon to the deepest layers of the ocean. Ocean ecosystem biology studies how biotic and abiotic factors determine ocean ecosystem properties. With the emergence of global-scale studies of open sea organisms, much has been discovered about the genomics of oceanic microbial communities. One of the main projects in this category today is Tara Oceans, a multidisciplinary project aiming to understand the diversity, interactions, functions and phenotypic complexity at taxonomic and spatial scales of plankton, through about 35000 samples with millions of organisms collected at depths of up to 2000 m in 210 stations across the oceans. The main objective of this work was to compare oceanic samples exploring the abundance, diversity, and function of microorganisms found in tropical and subtropical zones, in order to understand how these factors affect the biodiversity of these species. For this, only samples from collection stations that presented samples in the three depth layers (SRF, DCM and MES) simultaneously were selected. This filtering resulted in 8 stations with a sum of 76 samples. These data were processed through the MEDUSA pipeline, following the standard flow of a metagenomic analysis: pre-processing, sequence alignment with a reference protein bank, taxonomic classification and functional annotation. With the results obtained from this process, it was possible to compare the abundance and diversity of these samples and to note and analyze the results of this comparison. A greater diversity of organisms was observed in the deepest layer (MES) and there was no significant difference in abundance between the explored depth layers. Some biological functions are unique to each depth layer, indicating its particularities and functional diversity. No significant distinction of abundance, diversity or function was observed comparing exclusively samples from collection stations in different geographic points.
dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
dc.descriptionCerca de 71% do ecossistema da superfície terrestre é coberto por oceano, responsável por conter 97% de toda a água da Terra, sendo o plâncton, a sua forma de vida dominante. Microrganismos têm um papel imprescindível na manutenção do sistema do planeta, uma vez que são fontes de energia e nutrientes aos seres vivos, realizam quase metade da produção primária líquida, mantêm o equilíbrio químico na atmosfera e exportam carbono fixado fotossinteticamente para as camadas mais profundas do oceano. A biologia de ecossistemas oceânicos estuda como os fatores bióticos e abióticos determinam as propriedades do ecossistema oceânico. Com o surgimento de estudos em escala global de organismos de mar aberto, muito tem se descoberto sobre a genômica de comunidades microbianas oceânicas. Um dos principais projetos desta categoria atualmente é o Tara Oceans, um projeto multidisciplinar com o objetivo de compreender a diversidade, interações, funções e complexidade fenotípica em escalas taxonômicas e espaciais do plâncton, através de cerca de 35000 amostras com milhões de organismos coletadas em profundidades de até 2000 m em 210 estações ao longo dos oceanos. O principal objetivo deste trabalho foi comparar amostras oceânicas explorando a abundância, diversidade, e função dos microrganismos encontrados em zonas tropicais e subtropicais, com o intuito de entender como esses fatores afetam a biodiversidade dessas espécies. Para isso, foram selecionadas somente amostras de estações de coleta que apresentaram amostras nas três camadas de profundidade (SRF, DCM e MES) simultaneamente. Essa filtragem resultou em 8 estações com um somatório de 76 amostras. Esses dados foram processados através do pipeline MEDUSA, seguindo o fluxo padrão de uma análise de metagenômica: pré-processamento, alinhamento de sequências com um banco de proteínas referência, classificação taxonômica e anotação funcional. Com os resultados obtidos desse processo foi possível comparar abundância e diversidade dessas amostras e anotar e analisar os resultados dessa comparação. Observou-se uma maior diversidade de organismos na camada mais profunda e não ocorreu uma diferença significativa de abundância entre as camadas de profundidade exploradas. Algumas funções biológicas são exclusivas de cada camada de profundidade, indicando suas particularidades e sua diversidade funcional. Não foi observada distinção significativa de abundância, diversidade ou função comparando exclusivamente as amostras de estações de coleta nos diferentes pontos geográficos.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagept_BR
dc.publisherUniversidade Federal do Rio Grande do Norte
dc.publisherBrasil
dc.publisherUFRN
dc.publisherPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA
dc.rightsAcesso Aberto
dc.subjectAnálise de metagenoma
dc.subjectBiodiversidade marinha
dc.subjectCamadas de profundidade
dc.subjectZonas pelágicas
dc.subjectCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
dc.titleAnálises metagenômicas revelam a influência das camadas de profundidade na biodiversidade marinha em regiões tropicais e subtropicais
dc.typemasterThesis


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