O templo exibe um magnífico teto à mourisca, pintado e dourado pelo frei Jerônimo da Graça, entre 1733 e 1737. Este desenho foi repetido na igreja terceira carmelita de Cachoeira no Recôncavo Bahiano. No centro do coro, um edículo aloja um crucifixo de grandes dimensões encimado por um dossel e, sobre este, fogaréus. Os templos franciscanos de Salvador, na Bahia, e do Porto, em Portugal, representam os maiores empreendimentos de talha dourada do mundo português juntamente com o mosteiro de São Bento no Rio de Janeiro.O convento foi fundado em 1587 e destruído durante a invasão holandesa. Em 1723, a reconstrução da igreja em foi dada como concluída, ainda que as obras se prolongassem até 1782. Em 1752, foram terminadas as obras do claustro, que contém o mais importante trabalho de azulejaria portuguesa no Brasil, pintada por Bartolomeu Antunes de Jesus. As balaustradas do corpo da igreja, uma parte do mobiliário do coro e os móveis da sacristia são de autoria de frei Luís de Jesus, apelidado de “Torneiro”. No altar lateral encontra-se a imagem de São Pedro de Alcântara, obra de Manoel Inácio da Costa. O altar-mor é de Pedro Ferreira, e o teto de frei Jerônimo da Graça. Tombamento (IPHAN): nº 86-T-1.