O aumento da produção animal trouxe como consequência a geração de grande quantidade de dejetos os quais são destinados, após tratamento, à agricultura ou coleções de superfície. Entre os microrganismos presentes nos dejetos encontram-se as salmonelas. No meio ambiente esta bactéria torna-se uma importante fonte de transmissão e, consequentemente, potencial risco à produção animal e à saúde pública sendo que seu monitoramento se faz necessário. Neste sentido, compararam-se três metodologias para a quantificação de Salmonella sp. a fim de determinar a melhor técnica de estimativa do Número Mais Provável (NMP) a ser aplicado em efluentes de sistemas de tratamento de dejetos. Em cinco amostras de efluente, inocularam-se 105 a 106 UFC de Salmonella Typhimurium e determinou-se o NMP por três diferentes metodologias (A, B e C). Comparado às contagens bacterianas do inóculo de Salmonella Typhimurium, verificou-se que o NMP médio (4,441 UFC) no método A é bastante próximo a estas (P>0,05). Por outro lado, o NMP médio observado nos métodos B (1,380 UFC) e C (3,204 UFC) diferem estatisticamente daquelas (P<0,001 e P<0,01, respectivamente). Como o método A foi aquele que demonstrou valores mais próximos de NMP às quantidades inoculadas, sugere-se a utilização desta metodologia para análise de efluentes.The increase in animal production has increased the amount of effluents destined, most of times, to agriculture and aquatic resources. As the same of others enteric microorganisms, Salmonella is present in feces. In the environment Salmonella sp. become an important source of transmission and, consequently, a risk to animal production and public health. In this experiment, three methodologies for quantifying Salmonella sp. were compared, so as to determine the best estimation technique of the Most Probable Number (MPN) to be applied in liquid waste from effluent treatment systems. In this study, were used five water samples from an aquaculture tank Compared to the bacterial count of the Salmonella Typhimurium’s inoculum (105 a 106 CFU), it was verified that the average MPN (4.441 CFU) in method A is very similar to those counts (P>0.05). On the other hand, the average MNP observed in method B (1.380 CFU) and C (3.204 CFU) are statistically different from them (P<0.001 and P<0.01, respectively). Considering that method A was the one to present MPN values closest to the inoculated amounts, the employment of this methodology is suggested for the analysis of effluents.