O gênero Enterococcus está amplamente distribuído no meio ambiente e é geralmente encontrado nas fezes de animais de sangue quente. Todavia, a microbiota do trato gastrintestinal destes animais vem sofrendo alterações quanto à composição de espécies, devido ao uso de antimicrobianos. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade de espécies e genética de Enterococcus spp. isolados de amostras de fezes de suínos. Foram encontradas quatro espécies E. faecalis (n=21), E. faecium (n=18), E. mundtii (n=7) e E. hirae (n=9), sendo que as duas primeiras foram as mais freqüentes. A região espaçadora intergênica 16S-23S rDNA, apresentou uma grande diversidade inter e intra-específica. E. faecalis apresentou a maior diversidade genética e E. hirae, a menor diversidade.The genus Enterococcus is widely distributed in the environment, and is generally found in feces of warm-blooded animals. However, the microbiota of the gastrointestinal tract of these animals has undergone alterations in its species composition, due to the use of antimicrobials. The objective of the present study was to evaluate the species diversity and genetics of Enterococcus spp. isolated from swine fecal samples. Four species were found: E. faecalis (n=21), E. faecium (n=18), E. mundtii (n=7) and E. hirae (n=9), the first two being the most frequent. The 16S-23S rDNA intergenic spacer region showed high inter- and intraspecific diversity. E. faecalis showed the highest genetic diversity, and E. hirae the lowest.