Cryptococcus neoformans é uma levedura basidiomicética e patógeno humano oportunista, que causa infecção tanto em indivíduos imunocomprometidos quanto em imunocompetentes. A habilidade de sobrevivência e proliferação na temperatura do corpo humano é um fator de virulência essencial deste microrganismo. Análise da Diferença Representacional (RDA) foi aplicada com o intuito de delinear o perfil de expressão gênica durante desenvolvimento de C. neoformans a 37ºC ou 25ºC. Análises de 300 seqüências de cDNA permitiram a identificação de proteínas que podem ser críticas para processos de interação patógeno-hospedeiro. Produtos gênicos envolvidos em integridade da parede celular, resposta ao estresse, filamentação e metabolismo oxidativo são induzidos a 37ºC. Genes relacionados à silenciamento de cromatina e transporte de fosfolipídios possuem maior expressão em cultivo de C. neoformans a 25ºC. A metodologia de RDA mostrou-se viável no intuito de identificar genes regulados pela temperatura neste organismo, os quais podem representar alvos potenciais para estudos de inibição do desenvolvimento de C. neoformans no hospedeiro.