La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionó en los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a las comunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, a partir de su información genética. Para poder realizar este tipo de estudios fue necesario instalar, por primera vez en nuestro país, una plataforma de genómica y bioinformática que contara con el equipamiento necesario para la secuenciación masiva de ADN y el análisis posterior de los datos. Los estudios metagenómicos realizados en este trabajo se enfocaron en dos ambientes contrastantes: Las lagunas de altura de la Puna Andina (LAPA) y los suelos de los agroecosistemas de la pampa húmeda (SAPH). Los microbiomas de LAPA en ambientes prístinos presentaron una biodiversidad relativamente baja y no caracterizada previamente. Esto sirvió como modelo de análisis Taxonómico-funcional para describir los primeros estromatolitos vivos de altura en el mundo y biofilms compuestos por haloarqueas encontrados por primera vez en la naturaleza. Los SAPH, por otro lado, son ambientes altamente biodiversos y con alto impacto antropogénico sirviendo como modelo de estudio del impacto ecológico sobre el microbioma en dichas condiciones. Específicamente para este fin, se generó el set de datos PAMPA de casi 8000 millones de bases de ADN que ha sido posteriormente abierto públicamente para el análisis comunitario. Esta investigación es pionera en nuestro país en el emergente campo de la metagenómica ambiental por secuenciación masiva y es a su vez la más detallada caracterización de microbiomas hecha hasta el momento en Argentina.