Los arándanos son susceptibles a enfermedades fúngicas y a contaminación por micotoxinas, y esta es la razón de las aplicaciones de fungicidas. Estas contaminaciones pueden tener repercusiones en los rendimientos productivos y crear dificultades a la exportación. Los objetivos fueron identificar los hongos causantes de las enfermedades de arándanos en la Región de Salto Grande, Entre Ríos, una de las principales áreas de producción y exportación de arándanos en Argentina, y su capacidad para generar toxinas, y la cinética de degradación de azoxystrobin, boscalid, cyprodinil, fludioxonil y pyraclostrobin, así como su ocurrencia en productos de arándanos. Varias especies fúngicas, algunas con la capacidad de producción de micotoxinas, se han identificado por primera vez en los arándanos. Las metodologías desarrolladas para la cuantificación de los fungicidas fueron precisas y exactas. La degradación siguió una cinética de primer orden, ajustando mediante un modelo exponencial, con valores de R2 mayores a 0,96. La distribución de los pesticidas durante la elaboración de jugo de arándano reduciría más del 25% de fungicidas si se eliminan el agua de lavado y escaldado. Los productos de arándano han tenido elevada ocurrencia de los pesticidas, probablemente por el uso de la fruta de descarte para su elaboración.