Molecular characterization of segment 4 of lake tilapia viruses isolated from tilapia (Oreochromis niloticus) farmed in Peru

Caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia de lago aislado de tilapias (Oreochromis niloticus) cultivadas en Perú

dc.creatorPalacios H., Shirley
dc.creatorManchego S., Alberto
dc.creatorCastro S., Gina
dc.creatorHerrera R., Antonio
dc.creatorValera A., Adhemir
dc.creatorSandoval C., Nieves
dc.date2021-04-22
dc.date.accessioned2023-07-12T21:09:59Z
dc.date.available2023-07-12T21:09:59Z
dc.identifierhttps://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/20016
dc.identifier10.15381/rivep.v32i2.20016
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/7419265
dc.descriptionThe aim of this study was the molecular characterization of segment 4 of the lake tilapia virus (TiLV) detected in farmed tilapia from the departments of Piura (Coast) and San Martín (Jungle) in an outbreak that occurred in 2017-2018. During this outbreak, 26 TiLV positive samples were obtained and five of them were selected. The diagnosis of these samples was carried out through a nested RT-PCR with primers directed to segment 3 and the PCR products were sequenced. For the amplification and analysis of segment 4 of the TiLV genome, an RT-PCR was performed where specific primers were designed. The sequencing was done by Macrogen (South Korea), by bidirectional sequencing using the automated Sanger method. The phylogenetic analysis was carried out from the aligned sequences by means of the Neighbor-Joining (NJ) method and the hypothetical protein characteristics of the gene was carried out with the Phyre2 program. Four sequences with a length of 1190 bp were obtained and compared with two sequences from Israel and one from Thailand, reference strains corresponding to segment 4 of TILV published GenBank. The phylogenetic analysis of segment 4 determined the presence of a local TiLV genogroup, in addition to indicating that the Peruvian samples have a greater genetic relationship with the clade of Israel strains. The genetic distance analysis shows that the Peruvian samples have nucleotide identity values of 99.7-100% between them, determining that the outbreaks of both locations were produced by the same viral strain, and have an identity of 97.5-97.7% with strains from Israel and 97.0-97.1% with strains from Thailand. The hypothetical protein from TiLV segment 4 was determined to have structural homology to the neuraminidase N6 protein from English duck influenza A virus with 12% coverage, 44% identity, and 24.9% confidence.en-US
dc.descriptionEl objetivo del presente estudio fue la caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia de lago (TiLV) detectado en tilapias de cultivo de los departamentos de Piura (Costa) y San Martín (Selva) en un brote ocurrido en 2017-2018. En el brote se obtuvo 26 muestras positivas a TiLV, de las cuales se seleccionaron cinco muestras positivas. El diagnóstico de estas muestras se realizó a través de un RT-PCR anidado con cebadores dirigidos al segmento 3 y los productos de PCR fueron secuenciados. Para la amplificación y análisis del segmento 4 del genoma del TiLV se realizó un RT-PCR donde se diseñaron cebadores específicos. La secuenciación se hizo con la empresa Macrogen (Corea del Sur), mediante secuenciación bidireccional por el método de Sanger automatizado. El análisis filogenético se realizó a partir de las secuencias alineadas por medio del método de Neighbor-Joining (NJ) y la característica de la proteína hipotética del gen se realizó con el programa Phyre2. Se obtuvieron cuatro secuencias completas del segmento 4 (1 de Piura y 3 de San Martín) con una longitud de 1190 pb siendo comparadas con dos secuencias de Israel y una de Tailandia, cepas referenciales correspondientes al segmento 4 de TILV publicadas GeneBank. El análisis filogenético del segmento 4 determinó la presencia de un genogrupo TiLV local, además de indicar que las muestras peruanas presentan mayor relación genética con el clado de cepas de Israel. El análisis de distancia genética muestra que las muestras peruanas mostraron valores de identidad nucleotídica de 99.7-100% entre ellas, determinando que los brotes de ambos lugares fueron producidos por la misma cepa viral, y tienen una identidad de 97.5-97.7% con cepas de Israel y 97.0-97.1% con cepas de Tailandia. Se determinó que la proteína hipotética a partir del segmento 4 del TiLV tiene una región con una homología estructural con la proteína neuraminidasa N6 del pato inglés con 12% de cobertura, 44% de identidad y 24.9% de confianza.es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherUniversidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Medicina Veterinariaes-ES
dc.relationhttps://revistasinvestigacion.unmsm.edu.pe/index.php/veterinaria/article/view/20016/16548
dc.rightsDerechos de autor 2021 Shirley Palacios H., Alberto Manchego S., Gina Castro S., Antonio Herrera R., Adhemir Valera A., Nieves Sandoval C.es-ES
dc.rightshttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0es-ES
dc.sourceRevista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 32 No. 2 (2021); e20016en-US
dc.sourceRevista de Investigaciones Veterinarias del Perú; Vol. 32 Núm. 2 (2021); e20016es-ES
dc.source1682-3419
dc.source1609-9117
dc.subjecttilapiaen-US
dc.subjectTiLVen-US
dc.subjectsegment 4en-US
dc.subjectRT-PCRen-US
dc.subjectphylogenetic analysisen-US
dc.subjecttilapiases-ES
dc.subjectTiLVes-ES
dc.subjectsegmento 4es-ES
dc.subjectRT-PCRes-ES
dc.subjectanálisis filogenéticoes-ES
dc.titleMolecular characterization of segment 4 of lake tilapia viruses isolated from tilapia (Oreochromis niloticus) farmed in Peruen-US
dc.titleCaracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia de lago aislado de tilapias (Oreochromis niloticus) cultivadas en Perúes-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/articlees-ES


Este ítem pertenece a la siguiente institución