Shotgun metagenomic sequencing in culture negative microbial keratitis

Abstract

Propósito: Evaluar la microbiota de las muestras de queratitis microbiana de la membrana de impresión corneal (MIC) con cultivo negativo mediante el uso del análisis metagenómico de escopeta. Métodos: El ADN de las muestras de queratitis microbiana se recogió con CIM y se extrajo utilizando el MasterPure™ Complete DNA and RNA Purification Kit (Epicentre). El ADN se fragmentó por sonicación en fragmentos de 300 a 400 pares de bases (pb) utilizando Bioruptor® (Diagenode, Bélgica) y luego se utilizó como plantilla para la preparación de bibliotecas. Las bibliotecas de ADN se secuenciaron en Illumina® HiSeq2500. Las lecturas resultantes se sometieron a control de calidad, se recortaron y se compararon con el genoma humano de referencia. Las lecturas no mapeadas se clasificaron taxonómicamente utilizando el software Kraken. Resultados: Se incluyeron en el estudio 18 muestras de queratitis microbiana. En 5 muestras se encontró Brevundimonas diminuta, mientras que en 6 se observó la presencia de infecciones víricas. También se identificaron Cutibacterium acnes, Staphylococcus aureus, Moraxella lacunata y Pseudomonas alcaligenes como presunta causa putativa de la infección en 7 muestras. Conclusiones: La secuenciación Shotgun puede utilizarse como herramienta diagnóstica en muestras de queratitis microbiana. Este método de diagnóstico amplía las pruebas disponibles para diagnosticar infecciones oculares y podría ser clínicamente significativo en muestras con cultivo negativo.