Magnolia cubensis subsp. cubensis, endemic to the Sierra Maestra, Cuba and categorized as Endangered, has historically reduced populations due to illegal logging, habitat degradation and overexploitation. In threatened plant populations, understanding the effects of genetic factors makes it possible to reinforce conservation plans and design more effective strategies that reduce their probability of extinction. Therefore, the objectives of this research are to describe the genetic structure and diversity, and to verify the presence of inbreeding and bottleneck events in this subspecies. Leaf tissue DNA from 173 individuals collected in five locations, genotyped from 21 microsatellite markers, was used. Genetic diversity was assessed by heterozygosity, allelic diversity, inbreeding coefficient, and differentiation coefficient. The presence of isolation by distance and bottleneck events was verified. La Bayamesa was the most diverse locality and Pico Turquino presented high values of inbreeding. The population was genetically structured in three groups, where Gran Piedra showed the highest values for the differentiation coefficient. The population has not suffered a recent bottleneck event, but it does show signs of isolation by distance. The creation of nurseries in the localities of Gran Piedra and La Bayamesa is recommended, as well employing individuals from La Bayamesa to reinforce the localities Pico Caracas, Turquino and El Gigante with the goal of increase the global genetic diversity. Citación: Quintana, J., Hernández, M., Testé, E., Palmarola, A., Veltjen, E., Valdés, M., Asselman, P., Larridon, I., Samain, M.S. & González-Torres, L.R. 2022. Estructura y diversidad genética de Magnolia cubensis subsp. cubensis (Magnoliaceae). Revista Jard. Bot. Nac. Univ. Habana 43: 33-46. Received: 05 March 2021. Accepted: 17 June 2021. Online: 20 April 2022. Editor: Gabriela Rijo de Francisco.Magnolia cubensis subsp. cubensis, endémica de la Sierra Maestra, Cuba, y categorizada En Peligro de extinción, presenta poblaciones históricamente reducidas por la tala ilegal, la degradación del hábitat y la sobreexplotación. En las poblaciones de plantas amenazadas es importante comprender los efectos de los factores genéticos, porque permiten reforzar los planes de conservación y diseñar estrategias más efectivas que reduzcan su probabilidad de extinción. Por ello, los objetivos de la presente investigación son: describir la estructura y diversidad genética, y comprobar la presencia de endogamia y de eventos de cuello de botella en esta subespecie. Se utilizó ADN extraído de tejido foliar de 173 individuos colectados en cinco localidades, que fueron genotipificados a partir de 21 marcadores microsatélites. La diversidad genética se evaluó mediante la heterocigosidad, la diversidad alélica, el coeficiente de endogamia y el coeficiente de diferenciación. Se comprobó la presencia de aislamiento por distancia y de eventos de cuello de botella. La Bayamesa fue la localidad más diversa y Pico Turquino presentó valores elevados de endogamia. La población se encontró genéticamente estructurada en tres grupos, siendo la localidad Gran Piedra la que mostró los mayores valores para el coeficiente de diferenciación. La población no ha sufrido un evento de cuello de botella reciente, pero sí presenta indicios de aislamiento por distancia. Se recomienda la creación de viveros en las localidades de Gran Piedra y La Bayamesa, así como emplear a los individuos de esta última para reforzar a las localidades Pico Caracas, Turquino y El Gigante, con la finalidad de aumentar la diversidad genética global. Citación: Quintana, J., Hernández, M., Testé, E., Palmarola, A., Veltjen, E., Valdés, M., Asselman, P., Larridon, I., Samain, M.S. & González-Torres, L.R. 2022. Estructura y diversidad genética de Magnolia cubensis subsp. cubensis (Magnoliaceae). Revista Jard. Bot. Nac. Univ. Habana 43: 33-46. Recibido: 5 de marzo de 2021. Aceptado: 17 de junio de 2021. Publicado en línea: 20 de abril de 2022. Editor encargado: Gabriela Rijo de Francisco.