Alternativa rápida de extracción de ADN en quistes de Acanthamoeba para uso en el laboratorio de análisis clínicos

Abstract

El objetivo del estudio fue comparar la extracción de ADN de quistes de Acanthamoeba sp. con un método disponible comercialmente y cuatro no comerciales utilizando tratamiento térmico y ultrasonido para la amplificación por una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional, reduciendo tiempos de preparación y extracción de las muestras, como una herramienta para el diagnóstico en el laboratorio clínico. Se utilizó una cepa de Acanthamoeba, genotipo T4, cultivada en agar no nutritivo. Los quistes para analizar, en tres períodos de enquistamiento, se almacenaron a temperatura ambiente. Se extrajo ADN mediante cinco métodos: pretratamiento térmico, ultrasonido y combinaciones de ellos. La PCR se llevó a cabo utilizando cebadores específicos JDP1/JDP2. La concentración y pureza del ADN extraído con los protocolos evaluados revelaron diferencias estadísticamente significativas (p<0,0001). El método E (comercial), el A (térmico) y el B (ultrasonido) lograron los mejores rendimientos en la amplificación del fragmento específico de Acanthamoeba sp. por la PCR convencional.

The aim of the study was to compare DNA extraction from cysts of Acanthamoeba sp. with one commercially available method and four non-commercial ones using heat treatment and ultrasound for amplification by conventional polymerase chain reaction (PCR), reducing sample preparation and extraction times, as a diagnostic tool in the clinical laboratory . An Acanthamoeba strain, genotype T4, grown on non-nutritive agar was used. The cysts to be analyzed, in three encystment periods, were stored at room temperature. DNA was extracted by five methods: thermal pretreatment, ultrasound, and combinations of them. PCR was carried out using JDP1/JDP2 specific primers. The concentration and purity of the DNA extracted with the evaluated protocols revealed statistically significant differences (p<0.0001). Method E (commercial), A (thermal) and B (ultrasound) achieved the best yields in the amplification of the specific fragment of Acanthamoeba sp. by conventional PCR.