This article will try to explain the concept of homophobia and its dimensions: personal, interpersonal, institutional, and cultural. This article tries also to describe the concept of internalized homophobia as a product of heteronormative discourse within the patriarchal system. This article will reflect on the passage of the mental health disciplines from the postivist paradigm through the emergent paradigm and ultimately, to the complexity paradigm and how each of them influenced the approach and treatment of internalized homophobia. Finally, it will analyze the principles of classic-positivist psychiatry, psychoanalitic psychotherapy and affirmative psychotherapy focusing on advantages and disadvantages in relation to the assessment and treatment of internalized homphobia. It will explore the possibility of their integration through the principles of transdisciplinary and complex thinking. This article will reflect on levels of reality and the logic of the included middle.En este artículo se pretende explicar el concepto de homofobia y sus dimensiones: personal, interpersonal, institucional y cultural. A su vez, pretende describir el concepto de homofobia internalizada como producto del discurso heteronormativo proveniente del sistema patriarcal. Asimismo, se trata de reflexionar acerca del transitar de las disciplinas dedicadas al estudio de las enfermedades mentales desde el paradigma clásico-positivista, por el paradigma emergente, al paradigma de la complejidad; y cómo cada uno de estos paradigmas influyó en el abordaje y tratamiento de la homofobia internalizada. Finalmente, se analizarán los principios de la psiquiatría clásica-positivista, de la psicoterapia psicoanalítica y de la psicoterapia afirmativa, teniendo en cuenta sus ventajas y desventajas en relación al diagnóstico y tratamiento de la homofobia internalizada y una posible integración de estos saberes terapéuticos, mediada por los principios de la transdisciplinariedad y del pensamiento complejo, reflexionándose acerca de los conceptos de niveles de la realidad y de la lógica del tercio incluido.