Análisis genómico de la cepa patógena Salmonella enterica serotipo Enteritidis aislada de una granja avícola en Lima: virulencia y resistencia antimicrobiana

Abstract

Las zoonosis originadas por bacterias constituyen el segundo mayor grupo de microorganismos asociados a infecciones epidémicas con un fuerte impacto en la salud pública en todo el mundo. En el Perú, existen reportes recientes de Salmonelosis provocadas por Salmonella enterica serotipo Enteritidis (S. Enteritidis), una bacteria patógena zoonótica transmitida a humanos mediante el consumo o contacto con productos y animales contaminados. Debido a su potencial virulento, el presente trabajo de investigación tiene como finalidad realizar el análisis genómico de una cepa de S. Enteritidis aislada de una granja avícola de Lima (cepa SMVET14), para identificar los factores genéticos involucrados en la virulencia de este patógeno y genes de resistencia a antibióticos en el genoma que le confieran capacidad para generar brotes epidémicos en animales de granja y poblaciones humanas. En este estudio, el genoma de S. Enteritidis cepa SMVET14 se sometió a un análisis in silico el cual comenzó con el análisis de cobertura, calidad y limpieza de los datos generados por el secuenciamiento con BBMap, FASTQC y Trimmomatic, respectivamente. Las lecturas fueron ensambladas usando dos softwares SPAdes y Velvet, y se contrastó la calidad de ambos ensamblajes utilizando QUAST. Se escogió el ensamblaje generado por SPAdes, el cual generó 25 contigs con una cobertura promedio de 81.26, un tamaño del genoma de 4701879 bp (4.71Mb), y un contenido de %GC fue 52.13%. La anotación génica con Prokka mostró 4513 genes de los cuales 4421 fueron secuencias codificantes (CDS) y 94 ARN. La tipificación de la cepa se realizó con MLST y fue asignada al ST11. Por otro lado, el mapeo genómico y el análisis filogenómico mostró que la cepa SMVET14 está estrechamente relacionada con las cepas P125109 y 17927, ambos implicados en brotes epidémicos de Salmonelosis. Asimismo, se identificaron 105 factores de virulencia, siendo principalmente asociados al sistema de secreción tipo III (TTSS) y a adherencia celular. También, se identificaron 6 genes de resistencia a antibióticos que son utilizados en primera línea en el tratamiento en humanos y animales. Ademas, se identificó el plásmido pSEN de 3 59.350 kb característico de esta especie. Por último, con el servidor PHASTER se identificaron 2 secuencias profagos intactos, incluyendo Gifsy_2 y Salmon_118970_sal3. Por lo tanto, se logró la caracterización e identificación de los factores de virulencia y resistencia dentro del genoma de S. Enteritidis cepa SMVET14 con potencial de generar brotes epidémicos.