Secuenciamiento de cepas de levaduras nativas con elevada capacidad de producción de biodiesel

Abstract

Una alternativa al uso de los aceites vegetales para la producción de biodiesel es el empleo de levaduras oleaginosas, capaces de acumular cantidades de lípidos celulares superiores al 20 % de su biomasa compuestos principalmente por triacilgliceroles (TAG) ricos en ácidos grasos insaturados similares al aceite de soya y colza. El propósito de este trabajo fue realizar el secuenciamiento del genoma de dos cepas de levaduras con elevada capacidad de producción de biodiesel, Rhodotorula. glutinis CON-5, Rhodotorula kratochvilovae POR-3. Para ello se produjo la biomasa de las cepas en medio YPD (30°C/ 150 rpm/ 48 horas), luego se extrajo el ADN genómico empleando el kit DNAeasy Soil de Qiagen y se determinó su calidad y concentración por electroforesis en gel de agarosa y por microespectrofotometría con Nanodrop 2000c. Las muestras de ADN genómico de buena calidad fueron secuenciadas utilizando la tecnología Illumina y el Secuenciador Miseq, con pair-end reads de 2x300 pb. Finalmente se realizó el preprocesamiento de datos, que consistió en realizar el análisis de calidad de las secuencias obtenidas usando el software FastQC, y luego con la herramienta bioinformática Fastp se eliminaron la secuencias de baja calidad, obteniéndose un total de 7 679 031 y 7 854 922 secuencias para R. glutinis CON-5 con un %GC de 62 y 64%, y 6 770 404 secuencias pareadas para R. kratochvilovae POR-3 con un %GC de 61%. Estos datos representan el material de partida para la realización del ensamble de las secuencias, que permitirán la obtención del genoma completo de dichas cepas y su posterior caracterización y análisis funcional.