O objetivo desse estudo foi comparar a centralização e incidência de microfissuras apicais em canais radiculares curvos instrumentados pelos sistemas Unicone®, XP-Endo® Shaper Plus e Sequence Rotary File® por meio da Microtomografia Computadorizada. Foram selecionadas 45 raízes mésio-vestibulares de molares inferiores humanos que foram escaneados pré e pós instrumentação pela Microtomografia Computadorizada com pixel de 20μm. Os espécimes foram distribuídos aleatoriamente em 3 grupos (n=15), instrumentados pelo Sistema Unicone®, XP-Endo® Shaper Plus e pelo Sequence Rotary File®. Após o preparo foram avaliados a centralização e incidência de microfissuras apicais. Dos 45 espécimes instrumentados apenas os sistemas XP-Endo® Shaper Plus e o Sequence Rotary File® apresentaram centralização em todos os espécimes avaliados. Contudo, a diferença não foi estatisticamente significante. No que se refere a microfraturas, o grupo XP-Endo® Shaper Plus não apresentou microfratura apical, porém 2 espécimes do grupo Unicone® e 1 espécime do grupo Sequence Rotary File® apresentam microfratura apical, contudo, a diferença não é estatisticamente significante. O sistema XP-Endo® Shaper Plus apresentou melhores resultados seguido do Sequence Rotary File® e do Unicone®.CAPESThe aim of this study was to compare, by computed microtomography, the centralization and transport of curved root canals instrumented with the Unicone®, Xp-endo® Shaper Plus and Sequence Rotary File® systems. 45 mesiobuccal roots of human lower molars were selected and scanned before and after instrumentation by 20μm pixel Computerized Microtomography. The specimens were randomly assigned to 3 groups (n = 15), instrumented with Unicone® System, XP-Endo® Shaper Plus and Sequence Rotary File®. After preparation, the centralization and incidence of apical microfissures were evaluated. Among the 45 instrumented specimens, only the XP-Endo® Shaper Plus systems and Sequence Rotary File® were centralized in all specimens evaluated. However, the difference was not statistically significant. Regarding microfractures, the XP-Endo® Shaper Plus group did not present apical microfracture, however two Unicone® group and one Sequence Rotary File® group specimen have apical microfracture, although the difference is not statistically significant. The XP-Endo® Shaper Plus system shows the best results, followed by the Sequence Rotary File® and Unicone®.