doctoralThesis
Análise molecular e citogenômica de elementos de transposição no grupo Dichotomius (Luederwaldtínia) sericeus (Coleoptera: Scarabaeidae)
Autor
AMORIM, Igor Costa de
Institución
Resumen
Em Dichotomius, o mapeamento de sequências repetitivas de DNA revelou uma dinâmica da heterocromatina constitutiva (HC), em relação à composição e localização cromossômica das sequências presentes na HC. Os objetivos deste estudo foram isolar, caracterizar e mapear elementos de transposição (TE) no grupo D. (L.) sericeus, visando verificar o papel desses TEs e se eles estão relacionados com a variação na composição e localização das sequências da HC. Além disso, visamos compreender a história evolutiva desses elementos. O isolamento dos elementos, sequenciamento NGS, caracterização por diferentes abordagens e Hibridização in situ fluorescente foram realizados. Os resultados revelaram elementos com domínios conservados de 11 superfamílias, seis retrotransposons e cinco transposons de DNA. Os mais conservados foram: Copia, Gypsy, PiggyBac e Tc1-Mariner. Também foram identificados TEs degenerados. A análise filogenética dos elementos conservados sugeriu eventos de transferência horizontal para sete TEs de três superfamílias entre diferentes táxons, incluindo cnidários, platelmintos e nematelmintos. Adicionalmente, foi observada herança vertical em diferentes elementos. O mapeamento cromossômico populacional foi realizado para os TEs DsTc1_5, DsPogo_8 e DgmarMITE. Variação na localização e abundância foram observados, sugerindo atividade desses elementos. Devido à natureza degenerada, o DgmarMITE possui mobilidade in trans, utilizando a transposase de elementos proximamente relacionados ou não. A predominância dos elementos encontrados na eucromatina sugere que eles podem estar inseridos em regiões intergênicas, em pseudogenes e/ou relacionados a modificações na estrutura e expressão dos genes. Além disso, esses elementos não estão relacionados diretamente com a variabilidade das sequências repetitivas da HC. CAPES In Dichotomius, the mapping of repetitive DNA revealed a dynamics of constitutive heterochromatin (HC), in its composition and location of the sequences of the HC. The aims of this study were to isolate, characterize and map transposable elements (TE) in the group D. (L.) sericeus, to verify the role of these TEs and if they are related to the variation in composition and location of the sequences of the HC. In addition, to know the evolutionary history of these elements, the isolation of elements, NGS sequencing, characterization by different approaches and fluorescent in situ hybridization were performed. The results revealed elements with conserved domains from 11 superfamilies, six retrotransposons and five DNA transposons. The most conserved were: Copia, Gypsy, PiggyBac and Tc1-Mariner. Degenerated TEs were also identified. Phylogenetic analyse of conserved elements suggested horizontal transfer events, of seven TEs of three superfamilies between different taxa, including cnidarians, platyhelminth and nematelminth. In addition, vertical transmission was observed for different elements. The population chromosomal mapping was performed for the DsTc1_5, DsPogo_8 and DgmarMITE. Variation in the location and abundance, suggesting activity of these elements was observed. Due to their degenerated nature, DgmarMITE has cross-mobilization, using the transposase of elements closely related or not. The predominance of these elements in euchromatin suggests that they may be inserted in intergenic regions, in pseudogenes and/or related to modifications in the structure and expression of the genes. Furthermore, these elements are not directly related to the variability of the HC repetitive sequences.