Objective This study aims to analyze the structure of the zooplankton community (rotifers and cladocerans) in reservoirs in the State of Rio Grande do Norte, and which environmental variables (abiotic and phytoplankton) are important for these organisms. Methods The study took place in 11 water reservoirs in the state of Rio Grande do Norte. The analyzed variables were: pH, water transparency, depth, total and dissolved nitrogen, total and dissolved phosphorus, total and dissolved carbon and the density of the major phytoplankton groups. Results The structures of the zooplankton communities showed similarity, except for Boqueirão de Touros and Tabatinga, whose showed the highest densities of the Cyanobacteria family. The variables that showed relationship with the zooplankton were: pH, depth, nitrogen and dissolved phosphorus and the families Chryptophyceae, Zygnematophyceae, Dynophyceae, Chlorophyceae, Euglenophyceae and Bacillariophyceae Conclusion The results obtained show that zooplankton can be influenced by phytoplankton density.Objetivo Este estudo tem por objetivo analisar a estrutura da comunidade zooplanctônica (rotíferos e cladóceros) em reservatórios do Estado do Rio Grande do Norte, e quais as variáveis ambientais (abióticas e fitoplâncton) são importantes para esses organismos. Métodos O estudo ocorreu em 11 reservatórios do estado do Rio Grande do Norte. As variáveis analisadas foram: pH, transparência da água, profundidade, nitrogênio total e dissolvido, fosforo total e dissolvido, carbono total e dissolvido e a densidade dos principais grupos de fitoplâncton. Resultados As estruturas das comunidades zooplanctônicas apresentaram similaridade, exceto por Boqueirão de Touros e Tabatinga, os mesmos apresentando as maiores densidades da família Cyanobacteria. As variáveis que apresentaram relação com o zooplâncton foram: pH, profundidade, nitrogênio e fósforo dissolvido e as famílias Chryptophyceae, Zygnematophyceae, Dynophyceae, Chlorophyceae, Euglenophyceae e Bacillariophyceae Conclusão Os resultados mostram que a estrutura da comunidade zooplanctônica pode sofrer influencia da densidade de fitoplâncton.