Goa was the capital of the State of India, being, at the same time, the center of civil, political and religious administration of the Portuguese in those parts. The Seminary of Santa Fe was founded in Goa in 1541. The purpose of the Seminary was to form a native indigenous clergy. From 1546 the Seminary was given to the responsibility of the Society of Jesus. In 1548, the Jesuits divided the institution into two, founding the College of São Paulo. The time frame of this research is between the years 1548 and 1551, when the Jesuit António Gomes held the position of rector, promoting the expulsion of the natives of the College of São Paulo. We intend to understand the dynamics of this process, the motivations of Father Gomes for such action, its impact on Goa and, also, the movement of reversal of such measure. We understand that by imposing the expulsion of the natives of the College, Gomes opposed the project of formation of an indigenous clergy that he represented: a project that had already been incorporated and well accepted by the civil and religious authorities in Goa andeven in the Kingdom. The documentary sources used in this work are contained in volumes I and II of Documenta Indica, organized by jesuit priest Joseph Wicki.Goa era a capital do Estado da Índia, sendo, ao mesmo tempo, o centro de administração civil, política e religiosa dos portugueses naquelas partes. O Seminário de Santa Fé foi fundado em Goa em 1541. O objetivo do Seminário era formar um clero nativo indígena. A partir de 1546, o Seminário foi entregue àresponsabilidade da Companhia de Jesus. Em 1548, os jesuítas dividiram a instituição em duas, fundando o Colégio de São Paulo. O recorte temporal desta pesquisa situa-se entre os anos de 1548 e 1551, quando o jesuíta António Gomes desempenhou o cargo de reitor, promovendo a expulsão dos nativos do Colégio de São Paulo. Pretendemos compreender a dinâmica desse processo, as motivações do padre Gomes para tal ação, seu impacto em Goa e, ainda, o movimento de reversão de tal medida. Entendemos que, ao impor a expulsão dos nativos do Colégio, Gomes se opôs ao projeto de formação de um clero indígena que ele representava: projeto esse que já havia sido incorporado e bem aceito pelas autoridades civis e religiosas em Goa e mesmo no Reino. As fontes documentais utilizadas neste trabalho estão contidas nos volumes I e II da Documenta Indica, organizados pelo padre jesuíta Joseph Wicki.