A deep knowledge about endodontic microbiology is a fundamental resourse to understand the role of bacteria in the origin and development of chronic apical periodontitis as well as to provide database for adequate therapy. Our objective was to investigate the composition of bacterial flora in chronic apical periodontitis and to identify in vivo the microorganisms found in 20 root canals with periapical disease. After isolating a tooth with a rubber dam and access in the pulp system, a Hedstroen file no 15 was introduced in to the canal in order to remove dentin debries. Imediatelly after, distilled water was introduced and aspirated from the root canal. The aspirated material was spreaded into culture media composed by blood agar, MacConkey, aside blood agar (identify aerobes), brucella blood agar, FEAS and thioglycolate (identify anaerobes). The anaerobes conditions were obtained in GasPak jar immediately after spreading. The incubation and identification was achieved at the Clinical Hospital of Porto Alegre (HCPA) — Microbiology Unit. The predominant isolates were streptococcus sp. Group viridans. In this study we were able to identify some potentially pathogenic bacteria in chronic apical periodontitis such as Streptococcus sp. group viridans, Eubacterium sp., Enterococcus sp., Bacteroides sp., Peptostreptococcus sp. and Propionibacterium sp..O conhecimento mais aprofundado sobre a microbiologia endodôntica é um recurso fundamental para entender o papel das bactérias na origem e desenvolvimento das Periodontites Apicais Crônicas, bem como para oferecer subsídios para a instituição de uma terapêutica adequada. Este trabalho tem o propósito de investigar a composição bacteriana das Periodontites Apicais Crônicas, identificando os microrganismos encontrados nos canais radiculares de 20 dentes necróticos com lesão periapical. Após o isolamento absoluto do dente em questão e o acesso à cavidade pulpar, uma lima Hedstroen n° 15 foi introduzida no canal para a liberação de raspas de dentina. Em seguida, água destilada foi introduzida e aspirada do canal radicular. O material aspirado foi semeado imediatamente nos meios de agar sangue, Mac Conkey e azida sódica para identificação de aeróbios e nos meios agar sangue brucella, FEAS (agar sangue fenil etanol) e tioglicolato para a identificação de anaeróbios. A atmosfera de anaerobiose foi obtida através de um sistema físico-químico em jarra de anaerobiose, imediatamente após a semeadura. A incubação e posterior identificação dos microrganismos foi realizada na Unidade de Microbiologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Os Streptococcus sp. grupo viridans foram os microrganismos mais comumente isolados entre as bactérias aeróbias. Também foi possível identificar algumas bactérias anaeróbias como, Eubacterium sp., Bacteroides sp., Peptostreptococcus sp. e Propionibacterium sp.