dc.contributor | Nagata, Alice Kazuko Inoue | |
dc.creator | Silva, João Marcos Fagundes | |
dc.date.accessioned | 2018-07-14T19:12:02Z | |
dc.date.accessioned | 2022-10-04T13:42:46Z | |
dc.date.available | 2018-07-14T19:12:02Z | |
dc.date.available | 2022-10-04T13:42:46Z | |
dc.date.created | 2018-07-14T19:12:02Z | |
dc.date.issued | 2018-07-13 | |
dc.identifier | SILVA, João Marcos Fagundes. Descoberta de novos vírus vegetais e estudo da diversidade viral intrahospedeiro a partir de dados gerados por sequenciamento em larga escala. 2018. ix, 57 f., il. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2018. | |
dc.identifier | http://repositorio.unb.br/handle/10482/32224 | |
dc.identifier.uri | http://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/3850753 | |
dc.description.abstract | As tecnologias de sequenciamento em larga escala permitem a caracterização genômica das comunidades virais presentes em tecidos vegetais e animais e em amostras ambientais com alta sensibilidade e acurácia. Devido ao sequenciamento simultâneo de várias sequências genômicas, essa técnica também permite o estudo da alta diversidade genética intra-hospedeiro apresentada pelos vírus de RNA. Nesse trabalho, estudamos e estabelecemos um pipeline para a análise de viroma em planta utilizando o modelo de pepino, reportamos a descoberta de dois novos vírus em videiras, Grapevine enamovirus1 (GEV-1) e Grapevine virga-like virus (GVLV). Após ensaios de amplificação rápida das extremidades do cDNA (rapid amplification of cDNA ends – RACE) da extremidade 5' do genoma do GEV-1, foi descrito a sequência genômica quase completa desse vírus (6227 bp), possibilitando a sua classificação como um membro do gênero Enamovirus (família Luteoviridae) com base na sua organização genômica, estudos filogenéticos e critérios estabelecidos pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV). Entretanto, o genoma do GVLV permanece parciamente sequenciado em duas partes: um contig de 3348 bp que contém os domínios metiltransferase (Met) e helicase (Hel); e um contig de 1272 bp que corresponde à RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) parcial. Com base em estudos filogenéticos não foi possível classificar esse vírus, que mostra baixa identidade com ambas as famílias Virgaviridae e Bromoviridae. Adicionalmente, esse trabalho apresenta um estudo da diversidade genética intra-hospedeiro dos vírus associados ao enrolamento da folha da videira (Grapevine leafroll-associated virus – GLRaV), com foco na poliproteína dos GLRaV-2 e -3 (gêneros Closterovirus e Ampelovirus, respectivamente), assim como a detecção in silico de uma molécula defectiva de RNA do GLRaV-4 (Ampelovirus), a partir de dados gerados por HTS. As populações intra-hospedeiro encontradas em dois isolados de GLRaV-2 mostraram apenas 11 polimorfismos de único nucleotídeo (single nucleotide polymorphisms – SNPs) em comum (~14% dos SNPs em cada isolado). A diversidade intra-hospedeiro encontrada em dois isolados de GLRaV-3 foi baixa se comparada com os isolados de GLRaV-2. | |
dc.language | Português | |
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dc.rights | Acesso Aberto | |
dc.title | Descoberta de novos vírus vegetais e estudo da diversidade viral intrahospedeiro a partir de dados gerados por sequenciamento em larga escala | |
dc.type | Tesis | |