Today we have to learn to differentiate and distinguish, without the need of separation. In this sense, there are two pairs of concepts clearly differentiable and not necessarily separable: by one side, complexity and complex thought, and by the other side, disciplinary knowledge (multi-poli and inter-disciplinary) and transdisciplinary knowledge. For classic science, complex thought and trans-disciplinary knowledge is absurd, but the ideal of classic science rationality is necessary and valid, but insufficient to comprehend reality in current times. It is necessary a new paradigm of rationality which allows thinking the unit of fragmented knowledge in disciplines related to human species survival in this era which has become planetary. This reflection presents from Edgar Morin's (complex thought) and Basarab Nicolescu's (transdisciplinary knowledge) conceptual proposals, the epistemological, ontological and methodological dimension of the emergence of this new rationality.Hoy tenemos que aprender a diferenciar y a distinguir, sin tener por ello que separar. En este sentido hay dos pares de conceptos claramente diferenciables y no por ello separables: por un lado, los conceptos complejidad y pensamiento complejo y por otro lado, conocimiento disciplinar (multi-poli e interdisciplinar) y conocimiento transdisciplinar. Para la ciencia clásica el pensamiento complejo y el conocimiento transdisciplinar es un absurdo, pero para éstos, el ideal de racionalidad de la ciencia clásica es necesario y válido, pero insuficiente para comprender la Realidad en el tiempo actual. Se hace necesario un nuevo paradigma de racionalidad que permita pensar la unidad de los conocimientos fragmentados en disciplinas de cara a la supervivencia de la especie humana en esta era que se ha convertido en planetaria. La presente reflexión busca presentar desde las apuestas conceptuales de Edgar Morin (pensamiento complejo) y de Basarab Nicolescu (conocimiento transdisciplinar) la dimensión epistemológica, ontológica y metodológica de la emergencia de esta nueva racionalidad.Hoje temos que aprender a diferenciar e a distinguir, sem ter que, por isso, separar. Neste sentido há dois pares de conceitos claramente diferenciáveis e não por isso separáveis: por um lado, os conceitos de complexidade e de pensamento complexo e, por outro lado, os conceitos de conhecimento disciplinar (multi-poli e interdisciplinar) e o de conhecimento transdisciplinar. Para a ciência clássica o pensamento complexo e o conhecimento transdisciplinar é um absurdo. Porém, para estes, o ideal de racionalidade da ciência clássica é necessário e válido, mas insuficiente para compreender a realidade atual. Faz-se necessário um novo paradigma de racionalidade que permita pensar a unidade dos conhecimentos fragmentados em disciplinas relacionadas diretamente com a sobrevivência da espécie humana nesta era que se tornou planetária. A presente reflexão procura apresentar, a partir das apostas conceituais de Edgar Morin (pensamento complexo) e de Basarab Nicolescu (conhecimento transdisciplinar), a dimensão epistemológica, ontológica e metodológica da emergência desta nova racionalidade.