Genoma e diversidade genética de populações de Chrysodeixis includens nucleopolyhedrovirus (ChinNPV)

Abstract

Chrysodeixis includens nucleopolyhedrovirus (ChinNPV) é um vírus patogênico à lagarta falsa-medideira, Chrysodeixis includens (Walker, 1858), uma praga polífaga que ataca 174 plantas hospedeiras, incluindo soja e algodão. Os baculovírus formam um grande grupo de vírus de DNA fita dupla circular, que infectam insetos da ordem Lepidoptera, Hymenoptera e Diptera. Para uma melhor compreensão da virulência, evolução e biologia molecular de ChinNPV, este trabalho teve como objetivo determinar a sequência completa do genoma e a diversidade genética de sete isolados de ChinNPV (IA a IG). A diversidade genética foi inicialmente investigada por meio de análise das variações presentes nos core genes pif-2, lef- 9 e helicase de isolados de ChinNPV e de outros Alphabaculovirus. O gene pif-2 de ChinNPV recebeu destaque por, em contraste com o esperado, apresentar um grande número de polimorfismos não-sinônimos com a identificação de dois sítios sob pressão diversificadora. Os genomas dos isolados de ChinNPV (IA a IG) possuem tamanho variando de 138.869 a 140.859 bp e conteúdo de CG ~ 39%. Um total de 142 ORFs foram identificadas incluindo 37 core genes, 102 genes encontrados em outros baculovírus, 3 genes bro e duas ORFs únicas (Psin5 e Psin8). Homologous repeats (hrs), típicas de baculovírus, estão ausentes no genoma de ChinNPV. Os genomas dos isolados de ChinNPV têm alta similaridade com identidade mínima de 96,4% e, polimorfismos, indels e pequenos fragmentos foram observados ao longo dos genomas. Dois homólogos ao gene p26 (p26a e p26b) foram encontrados em ChinNPV. O padrão de agrupamento observado no cladograma da proteína P26 de NPVs indica que a aquisição do gene ocorreu em três eventos independentes de captura dentro da família Baculoviridae. ChinNPV tem uma sequência genômica distinta comparada a outros baculovírus sequenciados. As sete novas sequências do genoma completo de ChinNPV determinadas aqui constituem uma importante ferramenta para o melhor entendimento dos fatores de virulência, interação inseto-hospedeiro e da variação fenotípica observada em populações de baculovírus.