Tese
Desenvolvimento de um painel de marcadores SNP de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando
Fecha
2015-11-03Registro en:
ARAÚJO, Ronyere Olegário de. Desenvolvimento de um painel de marcadores SNP de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando. 2014. xiv, 156 f., il. Tese (Doutorado em Ciências Animais)—Universidade de Brasília, Brasília, 2014.
Autor
Araújo, Ronyere Olegário de
Institución
Resumen
Desenvolvimento de um painel de marcadores snp de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando. Ronyere Olegário de Araújo e Alexandre Rodrigues Caetano – Pesquisador PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. A crescente evolução de tecnologias tornaram possível analisar o genoma de várias espécies, compreender suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os efeitos ambientais que estão envolvidos com a expressão de características de interesse econômico. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar um painel personalizado a partir de um ensaio de 384 marcadores SNP localizados em genes candidatos que afetam características de produção, doenças genéticas, e para controle de parentesco, em animais da raça Girolando. Um total de 576 animais foram testados com o painel de 384 SNPs. Os SNPs selecionados foram usados para construir um painel baseado na tecnologia GoldenGate®. Os dados brutos da genotipagem foram analisados com o Módulo de Genotipagem do programa GenomeStudio, V2010.1, utilizando parâmetros padrão para clusterização dos dados de cada SNP. Como critério de filtragem dos SNPs e das amostras foram adotados os parâmetros: Separação de Clusters, Frequência de Genotipagem e a Taxa de Genotipagem. Após aplicação destes critérios, o arquivo final ficou composto de 249 SNPs e 419 animais. Após aplicação dos critérios de filtragem, foi possível observar uma diminuição da proporção de SNPs polimórficos (53,4%). Deste painel, 72 e 47 SNPs, estavam localizados nos cromossomos BTA06 e BTA14, respectivamente, e foram utilizados para os estudos de desequilíbrio de ligação - DL (parâmetros D’ e r2) e construção de blocos de haplótipos. As estimativas dos valores de DL entre os SNPs variaram de moderada à baixa magnitude, entre si e entre os BTAs. Para o parâmetro D’, a menor estimativa foi obtida para o BTA15 (0,0954) e a maior para o BTA24 (0,5311). Por outro lado, o parâmetro r2 apresentou menor estimativa no BTA17 (0,0011) e a maior no BTA22 (0,0834). Observou-se na população estudada a existência de 32 haplótipos em seis regiões do BTA06, com frequências observadas variando de 0,011 a 0,970. O número de SNPs capturados (TagSNPs) no BTA6 variou de 2 a 4 entre as regiões estruturadas e a distância entre eles variou de 75 a 70.177 pb. Para o BTA14, a estimativa de DL revelou a existência de 13 haplótipos em 4 regiões deste cromossomo, com frequências observadas variando de 0,023 à 0,589. Em geral, o número de SNPs capturados entre as regiões estruturadas no BTA14 foi igual a 2 e a distância entre eles variou de 225 a 17.284 pb, o que reduz em 50% os esforços no processo de genotipagem para cada uma das regiões gênicas estruturadas. Os resultados deste trabalho permitiram a caracterização de estruturas de blocos de haplótipos, em regiões genômicas relacionados com características de interesse zootécnico em animais da raça Girolando e poderão ser utilizados em estudos de associação entre essas regiões com características produtivas.