El cultivo de mora de la zona andina, conocido científicamente como Rubus glaucus se cultiva masivamente en Colombia donde se pueden encontrar diferentes variedades, los cuales pertenecen a la familia Rosacea que incluye otros miembros de gran importancia económica a nivel mundial como la fresa, la pera, la cereza, el durazno, la frambuesa y la rosa, entre otras.Muchas familias de la zona andina dependen del cultivo de mora (Rubus glaucus, BENTH), sin embargo, la productividad de este cultivo no es la ideal debido a las enfermedades que lo afectan, entre las que se encuentra la antracnosis causada por Colletotrichum gloeosporioides como una de las de mayor relevancia (López-Vásquez et al., 2013). En la región cafetera de Colombia se ha identificado que en el 52,9% de los casos esta enfermedad afecta la productividad de los cultivos de mora, catalogándola como una de las más importantes (Botero et al., 2002). Este trabajo se enfoca en identificar los genes en Rubus glaucus, BENTH tolerantes al ataque de Colletotrichum gloeosporioides, a partir de un análisis de expresión diferencial. Se usaron 3 grupos, un material tolerante inoculado con el patógeno, un material susceptible inoculado con el patógeno y un material susceptible sin inocular. El análisis de expresión diferencial viene después de realizar la secuenciación por RNA-seq y el ensamblaje del transcriptoma de Rubus glaucus, BENTH, los cuales fueron desarrollados por el grupo de investigación en Biodiversidad y Biotecnológica de la Universidad Tecnológica de Pereira. Por los altos costos que representan los análisis de secuenciación RNA-seq, sólo se contó con una réplica de este experimento. El presente proyecto parte con un estudio del estado del arte de los experimentos RNA-seq para identificar métodos que permitan hacer análisis de expresión diferencial cuando sólo se cuenta con una réplica, después de ser identificados.