Se caracterizaron 40 aislamientos de Alternaria procedentes de trigo, en grupos de morfo-especies en base a sus modelos de esporulación, morfología del conidio/conidióforo, color de la colonia sobre medios específicos (agar DRYES), patogenicidad y producción de toxinas. Se determinaron cuatro grupos-especie de Alternaria involucrados en patologías del trigo: A. alternata, A. arborescens, A. infectoria y A. tenuissima. La caracterización morfológica fue corroborada por comparación con cepas patrones standard de colecciones internacionales (Biopure Referenz Substeranzen GmbH, Tulln, Austria y HebIMI, Inglaterra). El análisis molecular de los aislamientos (extracción de DNA y secuenciación de la región ITS) corroboró la determinación morfocultural. La patogenicidad de los aislamientos se demostró por la producción de síntomas necróticos tales como manchas y atizonamiento foliar, manchado de granos, necrosis radicular y debilitamiento de las plántulas emergidas de granos inoculados. Cada grupo-especie se asoció a la producción de un síntoma o grupo de síntomas determinado siendo el grupo infectoria el más virulento respecto al resto de los grupos analizados. Las toxinas determinadas indican el riesgo micotoxicológico de estas cepas para la salud humana y animal ante el consumo de productos o subproductos que contengan dichos metabolitos. Su falta de regulación en alimentos en Argentina y en otras regiones del mundo es llamativa. A. arborescens se registra por primera vez en asociación a trigo para Argentina.