Uso de modelo de rede no estudo do enovelamento de proteínas

Abstract

O enovelamento de proteínas é um problema fundamental em Biofísica Molecular. Propõe8se neste trabalho um método de crescimento de estruturas proteicas utilizando uma rede denominada cubo8octaédrica. Neste processo de crescimento a partir da estrutura primária utiliza8se um potencial estatístico de interação entre pares de resíduos a fim de determinarmos a estrutura terciária da sequência. Para o ensemble estrutural analisam8se propriedades estruturais como o raio de giro das cadeias e o desvio médio quadrático das distâncias. Além deste estudo de previsão de estruturas, analisamos parâmetros energéticos termodinâmicos no estado de transição da proteína CI2 (cujo código PDB é 1 coa) bem como o cálculo dos valores de φ-values para os resíduos que fazem contatos no estado de transição

Protein folding is a fundamental problem in Molecular Biophysics. We present a method of chain growth algorithm to lattice generation of protein structure. The interaction between pairs of residues in this process is a statistical potential proposed by THOMAS and DILL. We examine properties as radius of gyration and root mean square deviation of ensemble protein structure. Finally, we verify the themodynamics energetic parameter in the transition state of protein folding 1 coa