Caracterização da região 3'-terminal do genoma de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

Abstract

O presente trabalho caracteriza a região 3'-terminal do genoma de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar 972 nt da região 3'-terminal do RNA viral. Foi obtido fragmento de tamanho esperado que inclui o gene da proteína capsidial e a região 3'-terminal não codificadora. O gene da proteína capsidial (ORF4) contém 801 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com seqüência deduzida de 266 aminoácidos e massa molecular estimada de 28.800 Da. Sessenta e um aminoácidos terminais da ORF2 estão sobrepostos na ORF4. O sinal de localização nuclear, encontrado dentro do Domínio R na região 5'-terminal da ORF4 de alguns sobemovírus, não foi identificado no SBMV-SP. Esse dado pode explicar a ausência de partículas virais do SBMV-SP no núcleo celular. A seqüência do SBMV-SP apresentou identidade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 91% e 93% com o isolado Arkansas (SBMV-ARK) descrito nos EUA. Os resultados obtidos indicam que o SBMV-SP e o SBMV-ARK são isolados muito proximamente relacionados.

We report the characterization of the 3'-terminal genome region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the State of São Paulo, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify 972 nt of the 3'-terminal region of the viral genome. The coat protein gene (ORF4) contains 801 nt, including the stop codon UGA, coding for 266 amino acids with a predicted molecular weight of 28,800 Da. The 3'-terminus of ORF2 overlaps the 5'-terminus of ORF4 in 61 amino acids. The nuclear localization signal sequence, found in the R domain at the 5'-terminal of the ORF4 in some sobemoviruses, was not identified in SBMV-SP. This could explain the absence of SBMV-SP particles inside the cell nucleus. The SBMV-SP sequence showed identity of nucleotides and amino acids of, respectively, 91% and 93% with the Arkansas isolate (SBMV-ARK) described in the USA. The results obtained in the present work indicate that SBMV-SP and SBMV-ARK are closely related isolates of the same virus.