ABSTRACT In this work we examine by means of starch gel electrophoresis the genetic variability at the Leucine Aminopeptidase (LAP*) locus in samples of Crassostrea virginica taken from two locations differing in salinities (Güiria and Guariquén; Eastern Venezuela). The enzyme system is determined by two loci: LAP-I and LAP-II (LAP-II is monomorphic). LAP-I showed 8 alleles in Guariquén and 6 in Güiria. The distribution of genotype frequencies in LAP-I from both locations was significantly different from the Hardy-Weinberg expectation. For the Guariquén population, the observed heterozygosity was 0.45, the expected one was 0.72 and the heterozygote deficiency was 0.371. For the Güiria population, the observed heterozygosity was 0.54, the expected one was 0.76 and the heterozygote deficiency was 0.442. The heterozygote deficiency is discussed in terms of inbreeding, mixture of genetically different populations, null alleles and selection. We relate the differences in genetic structure between both populations of Crassostrea virginica with the environmental conditions in both locations.RESUMEN La variabilidad genética del locus Leucil Aminopeptidasa (LAP*) de Crassostrea virginica de las localidades de Güiria y Guariquén fue examinada mediante electroforesis en gel de almidón. El sistema enzimático está determinado por dos loci, LAP-I, LAP-II, siendo este último monomórfico. LAP-I presentó 8 alelos en Guariquén y 6 alelos en Güiria. La distribución de las frecuencias genotípicas en el locus LAP-I de ambas localidades fue significativamente diferente de lo esperado según el principio de equilibrio de Hardy-Weinberg. Para la población de Guariquén la heterocigosidad observada fue 0,45; la esperada fue de 0,2 y la deficiencia de heterocigotos fue -0,29. En la población de Güiria, la heterocigosidad observada fue 0,54 y la esperada de 0,76; la deficiencia de heterocigotos fue de -0,29. La deficiencia de heterocigotos del locus LAP-I se discute en términos de intracruzamiento, efecto Wahlund, alelos silentes y selección. La diferencia de la estructura genetica de las poblaciones de Crassostrea virginica se relaciona con la variación de las condiciones ambientales en ambas localidades.