Variabilidad genética y filogeografía del pez arrecifal arcoiris de Cortés, Thalassoma lucasanum, en el Pacífico Oriental Tropical
Genetic variability and Phylogeography of the rainbow wrasse, Thalassoma lucasanum from the Tropical Eastern Pacific.
| dc.contributor | AXAYACATL ROCHA OLIVARES | |
| dc.creator | PABLO ELADIO GUEVARA REYNA | |
| dc.date | 2017 | |
| dc.date.accessioned | 2018-11-19T14:43:07Z | |
| dc.date.available | 2018-11-19T14:43:07Z | |
| dc.identifier | http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1780 | |
| dc.identifier.uri | http://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/2261179 | |
| dc.description | En este proyecto se analizaron los patrones de variabilidad genética del arcoíris de Cortés, Thalassoma lucasanum, mediante un acercamiento filogeográfico y de genómica de poblaciones. El modelo de estudio es un pez arrecifal abundante en el Pacífico Oriental Tropical (POT). Para el análisis se emplearon polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs por sus siglas en inglés), mediante secuenciación genómica reducida (3RAD), además de un análisis de tres marcadores de ADN mitocondrial, para caracterizar patrones filogeográficos y probar hipótesis sobre su estructura poblacional. Se probaron hipótesis sobre la heterogeneidad genética espacial asociada a la presencia de barreras a la dispersión y otras fuerzas evolutivas. Se encontró que existe un bajo polimorfismo en los tres genes mitocondriales, de los cuales únicamente el citocromo oxidasa subunidad I (COI) fue polimórfico (h= 0.105; = 0.0002), estos resultados sugieren que el bajo polimorfismo se extiende a todo el mitogenoma de la especie, por lo que no es apto para estudiar su genética poblacional. Esta baja diversidad estaría asociada con la biología de la especie, como resultado de una expansión demográfica, o por la naturaleza de la molécula de ADN mitocondrial. Por su parte, los SNPs evaluados revelaron una señal significativa de diferenciación genética en el POT así como un claro patrón filogeográfico. Se encontró que la brecha Centroamericana constituye una barrera efectiva que genera diferenciación genética en individuos del sur del Pacífico Oriental Tropical. Sin embargo, no se descarta la posibilidad de un flujo genético restringido de individuos del sur del Pacífico mexicano hacia esa zona. Por último, se encontró que existe una concordancia entre el origen geográfico de los individuos y la distribución de linajes en este sistema, debido quizá a una separación débil de linajes que podría ser efecto de una divergencia reciente entre clados del norte y sur de la brecha centroamericana. | |
| dc.description | This project analyzed the genetic variability patterns of the Cortez rainbow wrasse, Thalassoma lucasanum, using phylogeographical and population genomics approaches. Our study model is a coral reef species dominant across the Tropical Eastern Pacific (TEP) reef communities. We employed SNPs originated from a Reduced Representation sequencing platform (3RAD), and mitochondrial DNA sequences from three markers, in order to characterize both population structure and phylogeographic patterns. Our results allowed us to test hypotheses about the spatial genetic heterogeneity determined by barriers to dispersal as well as other evolutionary forces. We found low polymorphism in the three mitochondrial markers, of which only the cytochrome oxidase subunit I (COI) was polymorphic (h= 0.105; = 0.0002), concluding that low polymorphism may be pervasive across the mitochondrial genome of this species, hence it is not suitable to analyze its population genetics. This pattern may result from the species’ biology, a recent demographic expansion pattern or by the nature of the mitochondrion itself. On the other hand, the analyzed SNPs revealed significant genetic heterogeneity in the TEP as well as a clear phylogeographic pattern. We found that the Central American gap acts as an effective barrier to dispersal, causing genetic differentiation in individuals located at the southern-most part of the TEP system. Nevertheless, we do not discard the possibility of a restricted gene flow from individuals located at the south of the Mexican Pacific zone. In addition, we found a concordance between the lineage distribution of samples within the TEP system, which might be explained by a recent divergence between clades from the southern-most and northern parts of the Central American gap. | |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | spa | |
| dc.publisher | CICESE | |
| dc.relation | citation:Guevara Reyna, P.E. 2017. Variabilidad genética y filogeografía del pez arrecifal arcoiris de Cortés, Thalassoma lucasanum, en el Pacífico Oriental Tropical. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 43 pp. | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | |
| dc.rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0 | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/Autor/Thalassoma lucasanum, Pacífico Oriental Tropical, 3RAD, Barreras a la dispersión | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/Autor/Tropical Eastern Pacific, 3RAD, Dispersal barriers | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/cti/2 | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/cti/24 | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/cti/2409 | |
| dc.subject | info:eu-repo/classification/cti/240903 | |
| dc.title | Variabilidad genética y filogeografía del pez arrecifal arcoiris de Cortés, Thalassoma lucasanum, en el Pacífico Oriental Tropical | |
| dc.title | Genetic variability and Phylogeography of the rainbow wrasse, Thalassoma lucasanum from the Tropical Eastern Pacific. | |
| dc.type | Tesis |