En Venezuela, el Síndrome Diarréico Agudo (SDA) reviste gran importancia epidemiológica, constituyendo una de las primeras causas de morbi-mortalidad, donde los géneros Salmonella y Shigella, están frecuentemente involucrados. Se planteó detectar Salmonella y Shigella por métodos convencionales y moleculares. Se realizó coprocultivo para aislamiento e identificación de las bacterias enteropátogenas en 330 muestras de heces de individuos con SDA y 30 muestras de individuos asintomáticos (controles) de diferentes edades y ambos sexos, así como coproanálisis para observar las características físicas macroscópicas y posibles formas evolutivas parasitarias en las heces. Se encontró que ambos grupos de estudio presentaron un ligero predominio del sexo femenino. La mayor frecuencia de individuos con SDA se presentó en el grupo de 0-2 años de edad (39,39%). El grupo control presentó un 46,67% de positividad en el análisis bacteriológico. Escherichia coli fue la especie más frecuente en ambos grupos de estudio, seguida de Shigella con 16 casos (4,85%), y de Salmonella con 14 casos (4,24%) en los individuos con SDA, detectándose además Proteus y Klebsiella en los individuos controles, entre otras. La salmonelosis se distribuyó en ambos sexos por igual y con mayor frecuencia en los grupos de 3-4 y 9-10 años, mientras que la shigellosis predominó ligeramente en el sexo femenino (56,25%) y en niños de 5-6 y 9-10 años. Las infecciones por Salmonella y Shigella presentaron infecciones mixtas con helmintos y protozoarios intestinales patógenos en un 14,28% y 25,00% respectivamente. Se logró optimizar las condiciones de PCR para la detección molecular de Salmonella (genes invA, sefA y fliC de 457pb, 620pb y 488pb respectivamente) y Shigella (gen virA de 457pb) observando que sólo las muestras positivas a estos géneros por análisis bacteriológico mostraron las amplificaciones esperadas. Se demostró la especificidad de la técnica de PCR por la ausencia de productos amplificados en los controles empleados. Se concluye que el diagnóstico molecular constituye una herramienta alternativa que permite la detección e identificación de bacterias causantes de cuadros diarreicos, además de su gran utilidad para determinar la existencia de genes de virulencia en las cepas estudiadas.