The present study aims to improve the knowledge about the hydrogeochemistry of the Serra Geral Aquifer System (SGAS), recognizing different geochemical Facies of groundwater and testing the existence of structural relationships conditioning the aquifer system in the Alto Uruguai River region, northwestern of the State of Rio Grande do Sul. The methodology was conducted through the initial acquisition of georeferenced database of tubular wells in the area, recovering of tectonic lineaments through satellite imagery and filtering in a Geographic Information System (GIS), generating thematic maps and statistical analysis of the database. 1.981 tectonic lineaments were drawn and separated by length and pattern directions. Short lineaments and directions NE-E and NW-W are dominant in the area. The variation of hydrogeochemical Facies shows positive correlation with the lineament density. The CaMg and Mixed Waters Facies exhibit characteristics of low residence time, related to recharge areas of SGAS, the first one being linked to NE-E and N-NW directions and the second one with the NW-W direction. The Na Facies is related to lineaments NE-E and NW-W directions and alkaline pH and high total dissolved solids (TDS) contents, suggesting mixing with waters from the underlying Guarani Aquifer System (GAS). The FeK and F Facies are related to areas of ascending recharge of GAS or even deeper aquifers, the first one presenting relationship with the NE-E and NW-W directions and the second strongly related to N-NE lineaments.O presente estudo visa contribuir para melhorar o conhecimento sobre o Sistema Aquí- fero Serra Geral (SASG), reconhecendo diferentes tipos geoquímicos de águas subterrâneas e testando a existência de relações com as estruturas tectônicas na região do Alto Rio Uruguai, Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul. A metodologia utilizada envolveu a aquisição de dados de poços tubulares georreferenciados da região, traçado de lineamentos morfotectônicos por meio de imagens de satélite e filtragens em Sistema de Informações Geográficas (SIG), geração de mapas temáticos e análise estatística dos dados obtidos. Foram traçados 1.981 lineamentos tectônicos, sendo esses separados por padrões de direções. Os lineamentos de direção NE-E e NW-W são dominantes na área. A variação das Fácies hidrogeoquímicas demonstrou uma correlação positiva com a densidade de lineamentos. As Fácies CaMg e Águas Mistas apresentam características de baixo tempo de residência, estando provavelmente relacionadas à captação de águas associadas a áreas de recarga do SASG, sendo a primeira conectada com lineamentos de direção NE-E e N-NW e a segunda com a direção NW-W. A Fácies Na, relacionada com lineamentos de direção NE-E e NW-W, apresenta valores de pH alcalinos, baixa dureza e elevado teor de Sólidos Totais Dissolvidos (STD), que sugerem mistura com águas provenientes do Sistema Aquífero Guarani (SAG) subjacente. As Fácies FeK e F estão associadas possivelmente com zonas de recarga ascendente do SAG ou mesmo de aquíferos mais profundos, a primeira apresentando conexão com as direções NE-E e NW-W e a segunda com lineamentos N-NE.