Neste artigo explica-se o método da análise da linguagem a partir de dados recolhidos por meio da observação etnográfica nas escolas indígenas dentro do projeto de pesquisa de pós-doutorado “A educação da mulher indígena: contradições da identidade nas escolas indígenas Murui-Muina e Tikuna, na Amazônia da Colômbia e do Brasil”, que faz parte do Núcleo de Antropologia das Sociedades Indígenas e Tradicionais de PPGAS-UFRGS. O artigo utiliza entrevistas com professores e professoras indígenas para entender, por meio da análise da linguagem, as experiências que influenciam a identidade indígena e a relação dela com a identidade de gênero, no contexto do ensino escolar. Baseado nessas entrevistas, o artigo sugere desafios para futuras pesquisas sobre a educação escolar indígena na Amazônia. Com o intuito de refletir sobre a desigualdade entre conhecimentos universais e indígenas, o artigo explica primeiro os antecedentes antropológicos da análise da linguagem; a seguir, apresenta a influência da linguagem na identidade étnica e, finalmente, descreve a linguagem dos professores para entender a influência da educação escolar na experiência de ser indígena e apresenta os desafios futuros nesse campo.This article explains the ethnographic use of language analysis through collected data in indigenous schools during fieldwork, as part of the post-doctoral research project entitled “The education of indigenous women: identity contradictions in the schools of the Murui Muina and Ticuna people in the Amazonas River Basin, in the border between Colombia and Brasil”, within the Núcleo de Antropologia das Sociedades Indígenas e Tradicionais, PPGAS-UFRGS. The article presents interviews with indigenous school’s teachers in order to explain experiences that determine indigenous identity and its relation to gender identity, based in an ethnographical analysis of language within the context of indigenous schools. The articles suggests challenges for future research on indigenous school education in the Amazonas region. In order to understand the inequality between indigenous and “universal” forms of knowledge, the article commences by summarizing the background of language analysis in anthropology; next, it explains the relation between ethnic and gender identity and language; finally, it describes the language used by indigenous teachers in order to understand how schools shape indigenous experiences, presenting, thus, the main challenges for future research.