A mutação no gene que codifica a proteína CFTR constitui-se na base das alterações encontradas na fibrose cística, afetando também o sistema gastrintestinal, em especial o pâncreas e o fígado.    Cerca de 90% dos pacientes com FC são insuficientes pancreáticos já no 1º ano, e os sinais clínicos são os associados à má-absorção intestinal de nutrientes e gorduras:  esteatorréia, flatulência, distensão abdominal,   desnutrição e deficiências de vitaminas lipossolúveis. A dosagem de elastase fecal destaca-se no diagnóstico da insuficiência pancreática, e tratamento baseia-se na reposição de enzimas pancreáticas . A dose é individualizada,  inicialmente 500 a 1.000 U/kg de lipase nas refeições principais,  não ultrapassando 2.500 U/kg/refeição ou 10.000 U/kg/dia, pelo risco de  colonopatia fibrosante. A insuficiência pancreática também causa má-absorção de vitaminas lipossolúveis (vitaminas A, D, E, K), sendo necessária suplementação           A doença hepatobiliar costuma iniciar na primeira década de vida, e o critério diagnóstico baseia-se nos aspectos clínicos, ecográficos e bioquímicos, que devem ser periodicamente revisados. O tratamento da hepatopatia associado à FC com o ácido ursodesoxicólico visa retardar a progressão da doença. No tratamento das complicações da hipertensão porta, como varizes esofágicas,utilizam-se a ligadura elástica e a escleroterapia por via endoscópica, a derivação porto-sistêmica e implantação de shunts intra-hepáticos. Nenhum tratamento previne a progressão de fibrose para cirrose multilobular, sendo o transplante hepático indicado nos casos de hipertensão portal grave e insuficiência hepática, nos pacientes que mantêm função pulmonar preservada.