Detection and molecular characterization of gene 3 and 5 of turkey coronavirus from turkeys with severe enteritis in Brazil

Abstract

Turkey coronavirus (TCoV) is a causative agent associated with poult enteritis and mortality syndrome (PEMS) in turkeys worldwide. The disease is an acute, highly contagious enteric disease that is characterized by depression, anorexia, diarrhea, and high mortality in commercial turkey flocks. The presence of TCoV in 12 intestinal-content samples, from turkey flocks aged between 10 and 104 days and exhibiting severe enteritis, was monitored during the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by a reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) through amplification of the 3' UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5 and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed from sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed a greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3' UTR region, followed by sequencing of genes 3 and 5, has proven to be an effective means of detecting TCoV in intestinal contents

El coronavirus de los pavos es el agente etiologico asociado al sındrome de mortalidad y enteritis de los pavipollos (con las siglas en ingles PEMS) en pavos a nivel mundial. Esta enfermedad es enterica, aguda y altamente contagiosa de los pavos caracterizada por depresion, anorexia, diarrea y alta mortalidad en parvadas de pavos comerciales. Se detecto la presencia del coronavirus de los pavos en doce muestras de contenido intestinal obtenidas de parvadas de pavos entre 10 y 104 dıas de edad que presentaron enteritis severa y que fueron recolectadas entre los anos 2004 a 2006. La deteccion del coronavirus de los pavos fue realizada a traves de la transcripcion reversa y la reaccio´n en cadena de la polimerasa (con las siglas en ingles RT-PCR), mediante la amplificacion de la region no traducida (con las siglas en ingles UTR) del extremo 39, seguida por la amplificacion de los genes 3 y 5. La caracterizacion molecular de los virus fue realizada mediante la amplificacion de los genes 3 y 5, y mostro evidencia de similitud genetica entre los virus detectados en las muestras, pero estos fueron diferentes de las secuencias de otros coronavirus de pavos descritos en la literatura. Con relacion al gen 3, las muestras estuvieron muy relacionadas con el virus de la bronquitis infecciosa de las aves, mientras que el gen 5 mostro mayor identidad con el coronavirus de los faisanes. Estos resultados sugieren que la estrategia de amplificacion de la region no traducida del extremo 39 seguida de la secuenciacion de los genes 3 y 5 resulto ser una estrategia eficazpara la deteccion del coronavirus de los pavos en muestras de contenido intestinal.