As pequenas moscas que formam o subgrupo willistoni de Drosophila estão entre os principais integrantes da fauna de drosofilídeos do Brasil, sendo formado por seis espécies crípticas: D. willistoni, D. paulistorum, D. equinoxialis, D. tropicalis, D. insularis e D. pavlovskiana. Embora em muitas amostragens este subgrupo de espécies represente até 90% dos drosofilídeos coletados, a maioria dos trabalhos ecológicos generaliza a identificação de seus representantes como “subgrupo willistoni de Drosophila” devido à grande semelhança morfológica de suas espécies. Até o momento, o método mais eficiente e rápido para a distinção deste subgrupo ao nível de espécies é a técnica de eletroforese com a enzima Fosfatase ácida-1, a qual revela alelos espécie-específicos que permitem a identificação de cada uma das espécies deste subgrupo. Neste estudo, realizamos diversas coletas de drosofilídeos no Estado de Pernambuco, um dos estados do nordeste do Brasil menos conhecido em relação a sua fauna de drosofilídeos. Foram realizadas amostragens em períodos de maior e menor pluviosidade nos diferentes pontos de estudo, sendo coletados 47.692 indivíduos distribuídos em ambientes de Floresta Atlântica, Caatinga e Manguezal. Do total de indivíduos amostrados, 26,37% pertenceu ao subgrupo willistoni, sendo uma amostra destes indivíduos analisada ao nível de espécie pela metodologia de eletroforese. Foi verificado que em Pernambuco ocorrem em simpatria D. willistoni, D. paulistorum e D. equinoxialis. Destas três espécies verificamos que D. willistoni e D. paulistorum são as que ocorrem em maior abundância em Pernambuco. A representatividade do subgrupo willistoni na Floresta Atlântica e na Caatinga parece estar relacionada com os níveis de umidade. A comparação das freqüência relativas de D. willistoni e D. paulistorum nestes dois biomas parece indicar que para a segunda espécie os níveis de precipitação são mais limitantes. Neste estudo, registramos pela primeira vez para o nordeste do Brasil a presença de D. equinoxialis. Esta espécie apareceu unicamente no ambiente de Manguezal. Embora em baixa freqüência nos manguezais, o subgrupo willistoni foi mais diverso neste ambiente. Os resultados obtidos reforçam a importância da identificação dos representantes do subgrupo willistoni de Drosophila ao nível de espécie. A ausência desta informação nos estudos ecológicos com a família Drosophilidae impossibilita a compreensão da dinâmica espacial e temporal de suas espécies na natureza, bem como o entendimento das afinidades ecológicas entre elas.