A família Drosophilidae abriga mais de 4.200 espécies de pequenas moscas, sendo considerada uma das maiores da ordem Diptera, com destaque para o grupo willistoni do gênero Drosophila, composto por 23 espécies. Nos estudos ecológicos realizados recentemente pelo grupo de pesquisa do Laboratório de Genética da UFPE/CAV, destacamse as espécies crípticas Drosophila willistoni, D. paulistorum e D. equinoxialis e a espécie não críptica Drosophila nebulosa. Merece destaque o fato de D. paulistorum ser constituída de seis semiespécies (Andino-Brasileira, Amazônica, Centro-Americana, Interior, Orinocana e Transicional) o que ilustra os diversos níveis de especiação que existem dentro do grupo, e sua importância para estudos evolutivos. Foi objetivo deste trabalho investigar a variabilidade genética dos genes PlexinB e Ankyrin, presentes no elemento cromossômico F de Müller. Este cromossomo recombinante é resultante da fusão entre o cromossomo dot ancestral da família Drosophilidae (Elemento F) e cromossomo III (Elemento E), evento que ocorreu em todas as espécies do grupo willistoni. De posse dos dados de sequenciamento foram estabelecidas as relações filogenéticas entre as espécies e também entre as semiespécies de D. paulistorum. Fizeram parte dos estudos 28 amostras, coletadas recentemente nos biomas Floresta Amazônicas (Pará e Rondônia), Floresta Atlântica (Pernambuco) e Caatinga (Pernambuco, Ceará e Bahia), ou linhagens de stock centers. O gene PlexinB se destacou como o mais conservado dentro das espécies, enquanto Ankyrin foi bastante variável. Foi detectada uma deleção de 9 pares de bases em todas amostras de D. willistoni e outra de 3 pb em todas D. equinoxialis. Tanto PlexinB quanto Ankyrin permitiram a construção de um bem fundamentado fenograma, com maior similaridade genética entre as amostras de D. paulistorum e D. equinoxialis, depois com D. willistoni ou D. tropicalis, e então com D. nebulosa. A maior diversidade foi observada dentro da superespécie D. paulistorum. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo e entendimento da dinâmica da especiação, dentro do grupo willistoni de Drosophila.