Cardisoma guanhumi é um caranguejo terrestre intensamente explorado como alimento e considerado um importante recurso econômico no Brasil. A espécie tem experimentado um acentuado declínio populacional, influenciado pela sobrepesca aliada à perda e/ou degradação do habitat natural. A definição de “stocks” ou unidades de manejo são essenciais para a conservação destes recursos. Objetivou-se investigar a variação genética e a conectividade de C. guanhumi a partir de 154 exemplares amostrados em cinco estuários com diferentes níveis de conservação. Nove primers ISSRs foram utilizados para acessar a constituição genética da espécie. A diversidade genética observada em C. guanhumi foi alta, corroborando a condição de resiliente designado para a espécie, e atestam para um bom estado de conservação deste recurso no litoral de Pernambuco. A hipótese de panmixia foi rejeitada em favor de uma distribuição heterogênea dos genótipos ao longo da região estudada (ФST=0,19) apesar do alto fluxo gênico observado. Tal diferenciação é atribuída a loci candidatos a estarem sob seleção positiva e distribuídos diferencialmente entre as regiões geográficas, evidenciando uma estruturação genética em fina escala geográfica, compatível com padrões de clina geográfica mediada por seleção. Análises de agrupamento e loci candidatos a estarem sob seleção positiva apontam que as populações de C. guanhumi do litoral Norte e Sul de Pernambuco comportam-se como diferentes Unidades de Manejo, e devem ser gerenciadas de forma independente, uma vez que, a sua pesca é totalmente dependente dos estoques naturais, que se exauridos, implicarão em graves impactos ecológicos e socioculturais.FACEPE