Lutzomyia longipalpis, principal vetor do parasito causador de Leishmaniose Visceral Americana, tem sido estudado em aspectos morfológicos, bioquímicos e genéticos para a elucidação do seu controverso status taxonômico que abrange, na verdade, não apenas uma espécie, mas um complexo de espécies. Com a análise do gene period, um conhecido gene envolvido no ciclo circadiano, foram encontrados polimorfismos que caracterizaram a divisão da população de Lutzomyia longipalpis do município de Sobral (Ceará) em duas populações (1S para uma mancha abdominal ou 2S para duas manchas). O objetivo deste trabalho foi verificar por meio do marcador period, os padrões de divergência genética das populações de Lutzomyia longipalpis encontradas em dois municípios do Estado do Ceará, Caririaçu e Sobral, que estão separados por uma distância linear aproximada de 500 km. As coletas dos insetos foram realizadas com armadilhas do tipo CDC. O DNA dos mesmos foi extraído, amplificado por meio de PCR, purificado, quantificado e sequenciado. As sequencias foram alinhadas e a estruturação genética das populações foi avaliada utilizando-se programas de bioinformáica. Com a análise dos resultados, observou-se que a árvore de Evolução Mínima separou os dois morfotipos (uma e duas manchas) com valor de bootstrap superior a 80%, no entanto não diferenciou as populações de acordo com as localidades. Na estruturação das populações, verificou-se que há fixação de polimorfismos que separam as populações 1S e 2S em Sobral, e não foram encontrados haplótipos compartilhados entre as populações das duas localidades. Esses dados ratificam a existência de espécies crípticas de Lutzomyia longipalpis na localidade de Sobral e amplia esta condição ao município de Caririaçu.FACEPE