Diante das atuais dificuldades e desafios enfrentados pelo sistema público de saúde é iminente a necessidade de gerir melhor os custos de forma a otimizá-los. Nesse sentido, percebe-se que é impossível gerenciar o que não se conhece. Se o hospital não conhece quanto custam os procedimentos realizados dentro de sua estrutura operacional, não terá bases concretas para questioná-los junto ao Sistema Único de Saúde (SUS), o que reforça a importância do conhecimento dos processos operacionais. Nesta perspectiva, o presente trabalho tem por objetivo analisar o nível de cobertura dos custos da Unidade de Cuidados Neonatais do Hospital Universitário Professor Alberto Antunes – HUPAA pela tabela SUS. A pesquisa de início fornece embasamento teórico para gestão de custos destacando a importância da gestão dos custos em hospitais e enfatizando as peculiaridades da gestão de custos nos hospitais universitários. Apresenta conceitos de custos e suas respectivas classificações e por fim engloba a questão da gestão da qualidade em hospitais. Em seguida, apresenta-se a metodologia da pesquisa, neste caso caracterizada como estudo de caso e a coleta de dados foi realizada através de documentos e da observação a partir de visitas in loco nos serviços/setores. A pesquisa investiga e analisa os custos diretos dos serviços prestados, sendo realizado um comparativo entre os custos e os recursos financeiros repassados pelo SUS, a fim de identificar se estes são suficientes para provê-los, sendo calculada a margem de contribuição, ponto de equilíbrio e superávit/ déficit de receita. A análise revela que os custos com os serviços prestados são maiores que os recursos financeiros recebidos do SUS, que estes são suficientes para prover apenas 33,88% dos custos totais e a diferença de 66,12% ficando a cargo do hospital, o que reforça a importância do conhecimento e gerenciamento dos mesmos. Nesse sentido, constatou-se que apenas os recursos SUS provenientes dos procedimentos realizados não seriam suficientes para cobrir todos os custos necessários para realização dos mesmos. Ressalta-se que a receita recebida pelos serviços prestados cobre apenas 43,35% dos custos fixos. Salienta-se que o cenário acima apresentado leva em consideração os custos com pessoal RJU e residência médica e multiprofissional pagos pelo MEC e os custos com recepção e segurança e energia pagos pela UFAL.