Diante da transição do Estado executor para o Estado orientador das atividades voltadas à concretização do interesse geral, tornou-se indispensável o fortalecimento da regulação, que visa, precipuamente, defender o interesse público contra as perdas de bem-estar associadas às falhas de mercado. Entretanto, existe o risco da configuração do fenômeno das capturas e politização das agências reguladoras brasileiras, causado pela carência de autonomia funcional dessas entidades, que passam a desprezar o interesse público e a representar meros instrumentos no interesse do capital privado. A pesquisa corresponde a uma análise da autonomia atribuída às agências reguladoras brasileiras, enquanto modelo regulatório adotado no contexto da reforma do Estado brasileiro, na tentativa de estabelecer um mecanismo de governança regulatória adequado à política econômica setorial empregada nos mercados regulados; e do risco de capturas envolvido na sua operacionalidade, à luz da teoria econômica. O estudo sobre a autonomia das agências reguladoras brasileiras tem por base a Auditoria Operacional do Tribunal de Contas da União 012.693/2009-9, nas agências reguladoras incumbidas de setores de infraestrutura, considerados estratégicos para o desenvolvimento da economia do país. A teorização acerca do fenômeno das capturas dos entes reguladores é realizada através da revisão teórica dos artigos seminais da Escola de Chicago (George Stigler, Richard Posner e Sam Peltzman), analisando as suas principais causas, dentre as quais se destaca a carência de autonomia funcional, comprovada em relação às agências reguladoras nacionais.