O presente estudo descreve a estrutura da comunidade zooplanctônica do Arquipélago de São Pedro e São Paulo (Enseada: 00°55'03"N - 29°20'42"W Cabeço da Tartaruga: 00°55' 03"N - 29°20'46"W), durante os períodos de 30 de maio a 4 de junho (período chuvoso) e 23 de setembro a 1 de outubro de 2005 (período seco). O ecossitema se caracterizou por baixa biomassa e densidade e alta diversidade e eqüitabilidade, condição típica de ambientes oceânicos tropicais. Durante a época chuvosa predominou o holoplâncton, sendo Copepoda o grupo dominante; e durante a época seca dominou o meroplâncton na sua maioria representado por larvas vitelinas de Teleostei e zoeas de Brachyura. Os organismos chave que se encontraram de forma constante na comunidade zooplactônica do Arquipélago de São Pedro e São Paulo foram os Copepoda Clausocalanus furcatus, Undinula vulgaris, Scolecithrix danae, Euchaeta marina, Nannocalanus minor; Oithona plumifera, Oncaea venusta, Oncaea media, Corycaeus speciosus e Farranulla gracilis; o Chaetognatha Serratosagitta serratodentata; o Appendicularia Oikopleura longicauda, Euphausiacea e as larvas cypris de Cirripedia, larvas zoeas de Brachyura e larvas vitelinas e ovos de Teleostei. A presença dos Copepoda Pleuromamma piseki, P. borealis, P. xiphias, Lucicutia gaussae, e Heterorhabdus papilliger, e o aumento representativo nas densidades dos Foraminifera Globigerinoides trilobus, Globigerinoides ruber forma alba e G. ruber forma rosacea, Globigerina rubescens e Globorotalia sp.; os Siphonophora Eudoxoides spiralis, Chelophyes appendiculata, Abylopsis sp. e Bassia sp. e o Urochordata Oikopleura longicauda, numa coleta diurna do período chuvoso, pode indicar condições de ascensão de água causada pela interação entre os fluxos de vento e correntes e a topografia da área. As altas abundâncias de larvas vitelinas de Teleostei e zoeas de Brachyura durante o período seco, indicam a importante função que cumpre o arquipélago de São Pedro e São Paulo como área reprodutiva de espécies nectônicas e benônicas do oceano aberto