Objetivos: Estudo prospectivo foi conduzido de 2007 a 2010 para identificar fatores de risco para síndrome metabólica e a associação entre síndrome metabólica e o desenvolvimento de lipodistrofia em infectados por HIV e AIDS em dois centros de referência em Recife, Pernambuco. Métodos: Síndrome metabólica foi definida pelos critérios do National Cholesterol Education Program in Adult Treatment Panel III e lipodistrofia através de auto-relato empregando questionário padronizado e já utilizado em estudo anterior. Resultados: Neste estudo, lipodistrofia apresentou incidência global de 16,5 ocorrências por 1000 pessoasdia e esteve associado através do modelo de análise multivariada, a sexo feminino, baixo nível de escolaridade, nível de células CD4 menor que 200mm3 e carga viral detectável. Síndrome metabólica mesmo após ajustada pelas outras co-variáveis permaneceu não significativa no modelo e, portanto não suportando a hipótese de que seria fator de risco para lipodistrofia. Síndrome metabólica apresentou incidência global de 24,5 ocorrências por 100 pessoasdia e esteve associada através do modelo multivariado ao emprego de terapia anti-retroviral, ausência de atividade profissional remunerada e sedentarismo ou atividade física leve. Indivíduos que não se definiram como brancos apresentaram efeito protetor para o desenvolvimento de síndrome metabólica. Conclusões: Síndrome metabólica esteve associada ao uso de terapia anti-retroviral e não suporta a hipótese de que seja fator de risco para lipodistrofia. Lipodistrofia parece ser mais frequente em mulheres pobres e com controle inadequado do seu status viral e imunológico