A mamoneira (Ricinus communis L.) é uma das oleaginosas cultivadas mais importantes em todo o planeta, e no Brasil, uma das principais aplicações para o óleo de rícino é a produção de biodiesel. Apesar da grande importância da cultura para o Nordeste brasileiro, pouco é conhecido a respeito da diversidade genética de genótipos adaptados às condições ambientais encontradas na região. Com o intuito de prover informações acerca dos níveis de diversidade genética de acessos de mamona provenientes da Embrapa Algodão, perfis de fingerprinting de DNA foram descritos utilizando marcadores AFLP e ISSR. A partir da amplificação de 749 marcas no total (496 de AFLP e 253 de ISSR), foi observado o total de 53,4% de bandas polimórficas (44,4% para o AFLP e 71,1% para o ISSR). O AFLP apresentou a média mais alta de fragmentos amplificados por combinação de primers (33,1) em comparação com os primers únicos de ISSR (16,9). As médias obtidas para os índices PIC e MI foram mais altas para os primers de ISSR. No entanto, a média mais alta de RP foi observada para as combinações de primers de AFLP. Uma forte correlação positiva foi observada entre os parâmetros calculados, indicando a validade dos índices para a escolha de marcadores AFLP e ISSR informativos. Os valores de dissimilaridade genética entre os acessos variaram de 0,104 a 0,312 (AFLP), de 0,156 a 0,454 (ISSR) e de 0,143 a 0,339 (AFLP+ISSR). Em relação à análise fenética, os 27 genótipos analisados dividiram-se em cinco grupos principais, os quais, no entanto, não apresentaram indícios de estruturação (Fst = 0,108), com maior variação dentro dos grupos (89,2%) sendo muito superior em relação à variação entre grupos (10,8%). Apesar dos indícios de baixa diversidade genética e ausência de estruturação entre os acessos, a associação de marcas específicas a determinados genótipos de mamona revelam o potencial da aplicação das metodologias de fingerprinting de DNA para acessar a variabilidade existente na espécie. Adicionalmente, a descrição de primers capazes de gerar várias marcas polimórficas capazes de diferenciar genótipos fornece subsídios para o melhor direcionamento de cruzamentos entre acessos com características de interesseFaculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco