| dc.contributor | Silva Guimarães, Katia | |
| dc.creator | Gustavo Soares da Fonseca, Paulo | |
| dc.date | 2014-06-12T15:50:15Z | |
| dc.date | 2014-06-12T15:50:15Z | |
| dc.date | 2008-01-31 | |
| dc.identifier | Gustavo Soares da Fonseca, Paulo; Silva Guimarães, Katia. Computational methods for the identification of transcriptional regulation modules. 2008. Tese (Doutorado). Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2008. | |
| dc.identifier | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1452 | |
| dc.description | Estudos recentes têm demonstrado que as redes biológicas apresentam características nãoaleatórias,
dentre as quais destacamos a arquitetura modular. Neste trabalho, estamos interessados
na organização modular das redes de regulação transcricional (RRT), que modelizam
as interações entre genes e proteínas que controlam a sua expressão no nível transcricional.
Compreender os mecanismos de regulação transcricional é crucial para se explicar
a diversidade morfológica e funcional das células.
Nós nos propomos a abordar o problema da identificação de módulos regulatórios transcricionais,
i.e. grupos de genes co-regulados e seus reguladores, com ênfase no aspecto
computacional. Uma distinção importante deste trabalho é que estamos também interessados
em estudar o aspecto evolutivo dos módulos transcricionais. Do ponto de vista biológico,
a abordagem proposta está fundamentada em três premissas principais: (i) genes
co-regulados são controlados por proteínas regulatórias comuns (fatores de transcrição
FTs) e, portanto, eles devem apresentar padrões de sequência (motifs) comuns nas suas
regiões regulatórias, que correspondem aos sítios de ligação desses FTs, (ii) genes co-regulados
respondem coordenadamente a certas condições ambientais e de desenvolvimento
e, logo, devem ser co-expressos sob essas condições, e (iii) uma vez que módulos transcricionais
são presumivelmente responsáveis por funções biológicas importantes, eles estão
sujeitos a uma maior pressão seletiva e, consequentemente, devem ser evolutivamente
conservados. Nós definimos, portanto, o conceito de metamódulo regulatório transcricional
(MMRT) como grupos de genes compartilhando motifs e exibindo um comportamento de
expressão coerente em contextos específicos consistentemente em várias espécies e propomos
modelos probabilísticos para descrever o comportamento modular em termos do compartilhamento
de elementos regulatórios (motifs), da co-expressão e da conservação evolutiva
das associações funcionais entre os genes com base em dados diversos tais como dados
de sequência, de expressão e dados filogenéticos | |
| dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior | |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | eng | |
| dc.publisher | Universidade Federal de Pernambuco | |
| dc.subject | Transcriptional regulation metamodules | |
| dc.subject | Motif sharing | |
| dc.subject | Co-expression analysis | |
| dc.subject | Transcriptional modules evolutionary models | |
| dc.subject | Pattern recognition | |
| dc.subject | Probabilistic models | |
| dc.subject | Markov models | |
| dc.subject | P-value computation | |
| dc.subject | Biclustering | |
| dc.subject | Phylogenetic algorithms | |
| dc.title | Computational methods for the identification of transcriptional regulation modules | |
| dc.type | doctoralThesis | |
