Dentre as variedades de algodoeiro transgênico, o Bt (=Bacillus thuringiensis) oferece resistência aos principais lepidópteros pragas do algodoeiro por expressar a proteína Cry1Ac (=crystal protéico). Tendo em vista que a produção dessa proteína pelo vegetal geneticamente modificado pode influenciar a capacidade da planta em alocar fungos endofíticos, o objetivo do presente estudo foi investigar as possíveis alterações na composição de fungos endofíticos associados ao algodoeiro transgênico (Bt) em comparação ao não-transgênico (não-Bt). Desse modo, coletas foram realizadas nos estádios de desenvolvimento da planta. Em cada coleta foram selecionadas amostras de folhas, caules, raízes, flores e sementes de algodoeiro Bt e não-Bt, cultivados simultaneamente. Foram isolados 23 taxa de fungos endofíticos pertencentes aos grupos Zygomycota, Ascomycota, Coelomycetes, Hyphomycetes e Blastomycetes. E 17 gêneros foram encontrados: Acremonium, Cladosporium, Colletotrichum, Curvularia, Fusarium, Glomerella, Guignardia, Lecanicillium, igrospora, Pestalotiopsis, Phoma, Phomopsis, Rhizopus, Rhodotorula, Talaromyces, Tritirachium e Xylaria. As espécies mais frequentes de fungos de acordo com o órgão vegetal foram Phomopsis archeri em folhas e caules, Phoma destructiva em raízes, igrospora sphaerica em flores e Curvularia lunata var. aeria em sementes. A abundância e diversidade de fungos endofíticos associados ao algodoeiro Bt e ao não-Bt aumentam com o envelhecimento da planta, porém não houve diferença significativa entre a composição de fungos endofíticos associados aos dois tipos de algodoeiro, indicando que a expressão da proteína Cry1Ac não afeta a capacidade do algodoeiro em alocar os fungos endofíticos e que os efeitos detectados relacionados à composição da comunidade fúngica estão associados à idade e órgão da planta. A ocorrência de fungos endofíticos em sementes de algodoeiro sugere que há transmissão vertical desses microrganismos entre as plantas de uma geração para a outra. Dos fungos endofíticos obtidos, quarenta isolados foram avaliados quanto à produção qualitativa das enzimas hidrolíticas extracelulares lipase, protease e amilase. E o melhor resultado foi apresentado por isolados de Cladosporium cladosporioides obtidos de raiz de algodoeiro Bt e do não-Bt, que apresentaram um índice enzimático alto para duas das três enzimas testadas, sendo um microrganismo promissor a ser usado em diferentes setores da indústria biotecnológicaConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico