Estuários são ambientes favoráveis ao desenvolvimento da meiofauna que se destaca pela sua importância na teia trófica, na regeneração de nutrientes e como indicadora de poluição. Estudos sobre a comunidade de meiofauna e diversidade de Copepoda Harpacticoida foram realizados no estuário do Rio Formoso em oito estações (# 1 a 8) de coleta, no mediolitoral (M) e infralitoral (I). A estrutura da comunidade foi associada com as variáveis: salinidade, temperatura, matéria orgânica, clorofila-a, feopigmentos e granulometria do sedimento. As amostras de meiofauna foram coletadas com tubo de PVC (2,8 cm2 e 4 cm de altura) e fixadas com formol salino a 4% e os animais extraídos com água corrente filtrada, sendo retidos entre 0,044 e 1,0 mm de abertura de malha. Os Harpacticoida foram separados em tubos de Eppendorf com álcool a 70%. Para a identificação foram feitas dissecações do corpo do animal, montagens em lâminas, e desenhos sob câmaraclara. A meiofauna esteve composta por 14 grandes grupos. Nematoda foi o grupo dominante com 58% seguido por Copepoda com 24% do total de indivíduos. A densidade variou de 1.461 ind.10cm-2 na # 8-I a 12.353 ind.10cm-2 na # 2-I, com valor médio no estuário de 5.003 ind.10cm-2. Foram identificadas 24 espécies de Harpacticoida das quais Schizopera spp., Nitocra sp. 3 e Robertsonia spp. foram as mais abundantes. A análise Bio-Env utilizando dados ao nível de grandes grupos associou feopigmentos e fração do sedimento (areia muito grossa e grossa) à variação espacial da comunidade. Para os dados de espécies os fatores que melhor se associaram com a variação da comunidade de Harpacticoida foram salinidade, matéria orgânica e fração do sedimento (areia muito grossa)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico