O microzooplâncton é de grande importância ecológica, pois é capaz de utilizar recursos que normalmente não estão disponíveis para o meso e macrozooplâncton, servindo de elo entre o nano e picoplâncton e níveis tróficos superiores. Em ambientes estuarinos apresentam variação espacial e sazonal taxonômica e numérica que é fortemente influenciada por fatores ambientais. O objetivo desse trabalho consistiu em evidenciar a variação espaço-temporal do microzooplâncton no estuário do rio Botafogo (PE) e os fatores determinantes que influenciam a estrutura da comunidade. De março de 2007 a fevereiro de 2008 foram realizadas coletas mensais através de arrastos subsuperficiais com rede de plâncton com malha de 64 μm em três estações de coleta na preamar e baixa-mar diurnas. A densidade variou de 264,47org.m-3 a 13.453,77org.m-3 no período chuvoso, e de 172,64org.m-3 a 28.575,47org.m-3 no período seco. A composição e abundância apresentaram variação pouca acentuada entre o período chuvoso e seco. As formas holoplanctônicas predominaram, das quais os Copepoda se destacam, em especial os náuplios. Outros táxons numericamente evidenciados foram os Oithona hebes, Acartia lilljeborgii, Parvocalanus crassirostris e Euterpina acutifrons, além de Foraminifera, Favella ehrenbergii, Oikopleura dioica, Gastropoda véliger e Brachyura (zoea). A diversidade específica variou de muito baixa (0,3) a média (2,5), sendo geralmente maior durante a preamar. A pequena variação de salinidade e pouca influência limnética no estuário podem explicar esta variação taxonômica do estuário, e o predomínio de náuplios e espécies como O. hebes e F. ehrenbergii contribuíram para os baixos índices de diversidade específica observadosCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior